为了paper中展示相关结果，利用pheatmap完成了一张图。

目的：1）展示两个组（AT与NT）样本的远近关系，2）展示两个组（AT和NT）的差异菌属，3）差异菌属进行门的标注。

准备文件：

1）准备好genus profile，格式如下图：

2）组别信息与菌属和门的对应关系，格式如下图：

画图的代码如下：

library(pheatmap)

data=read.table("genus.txt",header=TRUE,row.names=1,sep="\t",check.names=F,quote="")

colgroup=read.table("group.txt",sep="\t",header=F,row.names=1,check.names=F,quote="")

colnames(colgroup)=c("Group")

rowgroup=read.table("taxon.txt",sep="\t",header=F,row.names=1,check.names=F,quote="")

colnames(rowgroup)=c("Class")

col = colorRampPalette(c("lightblue","yellow","orange","red"),bias=3)(300)

ann_colors=list(Group=c(AT="#00447E",NT="#F34800"),Class=c(p_Actinobacteria="#64A10E",p_Fir    micutes="#795EA2",p_Proteobacteria="#3370CC",p_Bacteroidetes="#EE7AE9"))

pheatmap(data,cluster_row=FALSE,annotation_col=colgroup,annotation_row=rowgroup,gaps_row=c(    3,6,8),col=col,annotation_colors=ann_colors,cellheight=15,cellwidth=15,filename="pheatmap.png")

最终效果呈现如下图：