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针对metagenome的数据分析,2017年YAMP发布(https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/21/223016),此工具主要利用MetaPhlAn2和HUMAnN2
近期在linux环境下进行了安装和分析,期间遇到的问题有:
第一类错误:Cannot run program "qsub" (in directory "/"): error=13, Permission denied
在https://github.com/alesssia/YAMP/wiki/How-to-run-YAMP-on-a-HPC意识到参数没有设置好,为此将nextflow.config中的executor和queue进行了注释
第二类错误:Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Can't find file /ref/genome/1/summary.txt,主要在nextflow.config中的文件路径未配置好,确认好重新配置。
第三类错误:Error message returned from command for thread task 0: python MinPath12hmp.py,利用命令行运行humann2 --input ERR011089_clean.fq --output . --output-basename ERR011089 --taxonomic-profile ERR011089_metaphlan_bugs_list.tsv --nucleotide-database chocophlan --protein-database uniref90 --pathways metacyc --threads 4 --memory-use minimum,发现是glpsol没有调用到,主要在于环境变量未设置好。
第四类错误:CRITICAL ERROR: Can not find executable bowtie2-build,未找到软件路径,将bowtie2-build链接到YAMP.nf所在路径。
此软件在运行过程中主要需要1)配置文件检查好,涉及到的文件都可以正常访问;2)软件的路径和YAMP.nf所在路径要一致,保证程序调用时可以正常。
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GMT+8, 2024-4-18 13:09
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