针对metagenome的数据分析，2017年YAMP发布（https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/21/223016），此工具主要利用MetaPhlAn2和HUMAnN2

近期在linux环境下进行了安装和分析，期间遇到的问题有：

第一类错误：Cannot run program "qsub" (in directory "/"): error=13, Permission denied

在https://github.com/alesssia/YAMP/wiki/How-to-run-YAMP-on-a-HPC意识到参数没有设置好，为此将nextflow.config中的executor和queue进行了注释

第二类错误：Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Can't find file /ref/genome/1/summary.txt，主要在nextflow.config中的文件路径未配置好，确认好重新配置。

第三类错误：Error message returned from command for thread task 0: python MinPath12hmp.py，利用命令行运行humann2 --input ERR011089_clean.fq --output . --output-basename ERR011089 --taxonomic-profile ERR011089_metaphlan_bugs_list.tsv --nucleotide-database chocophlan --protein-database uniref90 --pathways metacyc --threads 4 --memory-use minimum，发现是glpsol没有调用到，主要在于环境变量未设置好。

第四类错误：CRITICAL ERROR: Can not find executable bowtie2-build，未找到软件路径，将bowtie2-build链接到YAMP.nf所在路径。

此软件在运行过程中主要需要1）配置文件检查好，涉及到的文件都可以正常访问；2）软件的路径和YAMP.nf所在路径要一致，保证程序调用时可以正常。