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基于DNA数据的血统计算

已有 2916 次阅读 2017-10-19 16:40 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记

参考工具:

1)GEDmatch:https://www.gedmatch.com/login1.php,可在线提交数据进行计算,目前支持多家商业公司产生的数据格式(美国的23andme、Ancestry,国内的wegene)


2)Do-It-Yourself Dodecad v 2.1:http://dodecad.blogspot.com/2011/09/do-it-yourself-dodecad-v-21.html

易操作的工具,在windows和linux环境下均可使用,操作说明详见http://www.anthrogenica.com/archive/index.php/t-4879.html

例在linux下的测试脚本:

setwd('*/DIYDodecad2.1')

source('standardize.r')

standardize('*/23andme.txt',company='23andMe')

system('*/DIYDodecadLinux64 K12b.par')


在分析中,会遇到K12、K7、MDLP等不同的说法,具体解释详见:http://genealogical-musings.blogspot.com/2017/04/finally-gedmatch-admixture-guide.html


另外在https://isogg.org/wiki/Admixture_analyses中有着更为丰富的资料



https://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1081572.html

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