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ARDB抗性基因数据库在Linux环境下的使用

已有 6743 次阅读 2017-6-6 17:40 |个人分类:数据分析|系统分类:科研笔记| 抗性基因, ARDB

对于ARDB的数据库介绍,可以参考

1)https://ardb.cbcb.umd.edu

2)http://www.sohu.com/a/141309825_278730

3)http://toolsbiotech.blog.fc2.com/blog-entry-41.html

4)http://www.novogene.com/tech/suppor/news/559.html


根据ARDB主页提示的数据下载路径,在Linux环境下:


解压文件ARDBflatFiles.tar.gz,将会有以下文件


这些文件的解释文档,详见ftp://ftp.cbcb.umd.edu/pub/data/ARDB/doc4ARDBflatFiles.pdf


ardbAnno1.0.tar.gz是ARDB数据库提供的注释程序和数据文件,解压后得到


程序就是ardbAnno.pl,它使用说明见文档,https://ardb.cbcb.umd.edu/ardbAnnoNotes.pdf

ardbAnno.pl在使用时需要perl、BioPerl toolkit和BLAST

个人使用的环境下已经有perl和BioPerl toolkit(可利用find `perl -e 'print "@INC"'` -name '*.pm' -print查看是否安装了Bio::SeqIO;)

ardbAnno.pl中用到的blast是个老版本,个人安装的是blast 2.6.0+,为此在使用此工具时进行了微调

第一步:建立index

    文档提供的命令formatdb -i resisGenes.pfasta -p T -o T

    用于blast 2.6.0+的建库命令是makeblastdb,为此用命令

完成建库

第二步:运行ardbAnno.pl

    文档提供的命令是perl ardbAnno_modified.pl(用其提供的测试数据)

    由于blast版本不一样,且环境设置有些不一样,为此将ardbAnno_modified.pl中的


修改为


随后运行perl ardbAnno_modified.pl

随后可看到结果output.xls显示




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