安装bowtie2:

进入bowtie2官方下载地址https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/，

建议下载bowtie2 2.2.9版本，不建议使用bowtie2 2.3.1版或bowtie2 2.3.2版的，它们会报错如下，需要libtbb，但是rpm库里rpm包只有centos6.9以上才能用，在此没有尝试原码安装，如果有人安装完成，欢迎分享。rpm包搜索地址为 http://www.rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=libtbb.so.2

unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

# 解压后生成文件夹bowtie2-2.2.9

cd bowtie2-2.2.9

# 测试一下./bowtie2可以直接运行

# 建议将bowtie2-2.2.9拷贝到某处（这类软件通常存放位置，例如/usr/local/bin），再进入该目录下设置环境变量：

echo PATH=$PATH:\$PWD >> ~/.bashrc  

#将bowtie2的目录加入到系统路径中

source /.bashrc

#完成后直接输入bowtie2即可运行，如下表示安装成功：

安装samtools：

从samtools官方下载地址http://www.htslib.org/download/下载最新版samtools/bcftools/htslib，目前最新版的是1.5版本，下载的是tar.bz2文件，这里需用以下命令解压

tar -jxvf xx.tar.bz2

# xx.tar.bz2即samtools.tar.bz2, bcftools.tar.bz2, htslib.tar.bz2，下同

在安装htslib前需安装zlib, bzip2和xz，具体如下:

yum install zlib-devel

yum install bzip2-devel

yum install xz-devel

再安装htslib:

cd htslib-1.5

./configure --prefix=/usr/local/bin/

# 表示将将htslib安装到/usr/local/bin目录下，建议将生信软件安装到这个目录下

make && make install

在安装samtools之前需安装ncurses具体如下：

yum install ncurses-devel

完成后即可安装samtools

cd samtools-1.5

./configure --prefix=/usr/local/bin/

make && make install

# 完成后在当前目录下生成了samtools的二进制文件，建议将其放到/usr/local/bin目录下

cp samtools /usr/local/bin

这时可以直接在终端输入samtools使用，出现如下界面表示安装完成

同时也建议安装其组件bcftools，这个程序在call variant中用到。

cd bcftools-1.5

./configure --prefix=/usr/local/bin/

make && make install

cp bcftools /usr/local/bin/