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Bowtie2和Samtools软件更新

已有 4790 次阅读 2017-7-25 20:22 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科研笔记|关键词:bowtie2,,satmools,,install| install, Bowtie2, satmools

安装bowtie2:

进入bowtie2官方下载地址https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/

建议下载bowtie2 2.2.9版本,不建议使用bowtie2 2.3.1版或bowtie2 2.3.2版的,它们会报错如下,需要libtbb,但是rpm库里rpm包只有centos6.9以上才能用,在此没有尝试原码安装,如果有人安装完成,欢迎分享。rpm包搜索地址为 http://www.rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=libtbb.so.2

unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

# 解压后生成文件夹bowtie2-2.2.9

cd bowtie2-2.2.9

# 测试一下./bowtie2可以直接运行

# 建议将bowtie2-2.2.9拷贝到某处(这类软件通常存放位置,例如/usr/local/bin),再进入该目录下设置环境变量:

echo PATH=$PATH:\$PWD >> ~/.bashrc  

#bowtie2的目录加入到系统路径中

source /.bashrc

#完成后直接输入bowtie2即可运行,如下表示安装成功:

安装samtools

samtools官方下载地址http://www.htslib.org/download/下载最新版samtools/bcftools/htslib,目前最新版的是1.5版本,下载的是tar.bz2文件,这里需用以下命令解压

tar -jxvf xx.tar.bz2

# xx.tar.bz2samtools.tar.bz2, bcftools.tar.bz2, htslib.tar.bz2,下同

在安装htslib前需安装zlib, bzip2xz,具体如下:

yum install zlib-devel

yum install bzip2-devel

yum install xz-devel

再安装htslib:

cd htslib-1.5

./configure --prefix=/usr/local/bin/

# 表示将将htslib安装到/usr/local/bin目录下,建议将生信软件安装到这个目录下

make && make install

在安装samtools之前需安装ncurses具体如下:

yum install ncurses-devel

完成后即可安装samtools

cd samtools-1.5

./configure --prefix=/usr/local/bin/

make && make install

# 完成后在当前目录下生成了samtools的二进制文件,建议将其放到/usr/local/bin目录下

cp samtools /usr/local/bin

这时可以直接在终端输入samtools使用,出现如下界面表示安装完成

同时也建议安装其组件bcftools,这个程序在call variant中用到。

cd bcftools-1.5

./configure --prefix=/usr/local/bin/

make && make install

cp bcftools /usr/local/bin/




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