生物技术创新创业分享 http://blog.sciencenet.cn/u/SNPs 美国HudsonAlpha研究院的研究员。做分子鉴别诊断平台技术的开发和免疫组库基础科研。

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介绍免疫组库高通量测序分析软件(免费)

已有 12281 次阅读 2011-5-30 23:26 |个人分类:免疫组库新领域|系统分类:科研笔记| 软件, 多重PCR, 免疫组库高通量测

尽管我们投入了几百万美金开发免疫组库扩增技术和分析软件,可是(从IT行业学来的)最佳的技术推广措施就是让大家免费使用

访问这个连接,https://irweb.irepertoire.com/ir/, 然后用“demo"(小写)做为用户名,“12345"为password, 就可以进入我们免疫组库数据分析软件:


进入网站后导航按钮在左手边,点击进入不同的数据库:

进入数据库以后可以看2D, 3D 的V(D)J分布图,也可以看所有的CDR3序列,数据库内(你个人帐号内)不同标本分享的CDR3序列。


二维图,CDR3清单都可以点击进入更详细的序列:


分析软件还包括D50值的计算(定量分析免疫组库多样性的水平),V, J基因使用频率,V,J基因Triming的频率,CDR3片段长度分布,n addition随机插入的频率等科学家普遍关心的统计数据的计算。

免疫组库技术是过去二十年免疫学,分子生物学,和信息技术发展的汇集成果。没有单克隆抗体技术,没有流式细胞仪等技术就不能对免疫细胞详细分类;没有PCR技术,mPCR技术(多重PCR),和高通量测序技术,免疫组库分析也是不可能的;还有,如果没有信息产业的发展,没有高速计算机,便宜的储存,快速方便的网络,和各种软件包,这些测出来的数据根本就没有办法看!

以前写过一些有关新技术推广有难以跨越的鸿沟的文章,其实IT行业已经给我们做出了很好的榜样。Google, Facebook, eBay,等公司能势如破竹地进入市场,靠的就是“免费使用”这个绝招。

把产品做好,再好些,然后用最低的价格(甚至免费)推出,这样用户使用就没有顾虑了。没有什么能比“不要钱的好东西”更能让用户满意的了。

同时,免费还是最让竞争对手头痛的事情。

不过,免费的前提是使用我们的arm-PCR扩增技术和引物。去年我们刚推出技术服务的时候价格还很贵:用户提供RNA, 我们负责扩增VDJ, 测序,和数据分析。价格分别是$1000/标本(扩增建库),$18,000测序(454,外包),$5000数据分析。

现在,我们在提供服务的同时也提供产品:扩增建库$50/标本,测序另计,数据分析免费。一年内把高端技术做成一般科研人员都能用得上,可见我们付出的辛劳和汗水,还有大笔的资金投入,我们没有用风投,也没有等政府投资,就是天使投资,包括我太太这个美丽的天使。


https://blog.sciencenet.cn/blog-290052-449776.html

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