生物技术创新创业分享 http://blog.sciencenet.cn/u/SNPs 美国HudsonAlpha研究院的研究员。做分子鉴别诊断平台技术的开发和免疫组库基础科研。

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又访CDC,披露新的引物设计方法

已有 5336 次阅读 2010-11-14 01:03 |个人分类:iCubate2.0开放平台|系统分类:科研笔记| 生物技术, 创新, 创业

上周从国内回来马上又去Atlanta访问美国疾病控制中心。



和多年前去那里不同,现在是戒备森严,而且装备精良。二十几座全新的大楼。发完“非典财”又发“流感财”,国内各省市的疾病控制中心也是如此,都是全新的大楼,硬件投入非常可观。

象非典,甲流这样的公共卫生危机隔几年就会来一次,政府不投入就会在人民面前显得不关痛痒,可是大笔大笔的热钱下去也难免现用佛现烧香,或者给腐败造机会。

我这次去CDC是应Unger博士的邀请,我先前第一篇公布Tem-PCR 技术的论文就是和她们合作做的。那篇文章检测25个HPV(人乳头状病毒)基因型,21种为高危的,4种为低危的亚型,一共一百多个引物在一个反应体系里面进行半定量的扩增。Dr. Unger最近荣升为慢性病毒感染部门的主任,她发表过一百二十多篇论文,参与编写二十几本书。她还与NCI合作建立了肿瘤早期诊断协作组,并与许多做疫苗的大公司有联系。

Dr. Unger请我去交流的主要是有关免疫组库方面的进展,尤其是肿瘤早期诊断方面的一些应用和一切其它她们关心的慢性病毒感染的疾病。讲座很受欢迎,讨论也很热烈。我也在讲座中首次披露了我们新做的一个帮助设计多重PCR引物的一个软件。这个软件的一个核心突破就是考虑到引物和多聚酶的亲和力:

一般PCR引物设计软件都以TM值为核心,可是我认为仅仅考虑TM值还不够,因为TM仅说明在某个温度下引物和模板结合的成功率,但是结合上去的引物不一定就是多聚酶所喜欢的,而我们的软件则把多聚酶的喜好指数考虑进去了。这个喜好指数(Polymerase Preference Index, or PPI)是通过分析高通量测序数据得到的。这个软件已经在内部试用,很快就会放到网上(icubate 网站)免费让大家使用。到时会有更详细的介绍。

访问CDC也和Unger博士商定了几个合作项目。她们有很多有趣的病人标本,通过免疫组库分析可能得到肿瘤早期诊断的一些生物指标。上个星期在苏州也和我的大学同学建立了一个临床合作项目,做肿瘤早期诊断方面的研究。类似的研究和香港同行也在进行。

很高兴我们在免疫组库技术临床应用方面的研究进展顺利,希望在一两个月内会有更令人兴奋的结果。不过,在做这些比较偏基础的研究的同时,我还总是在思考临床应用的技术问题。一个科技成果是否能尽快取得临床效益,还要看它所涉及的方法是否很方便,快捷,便宜。这也是我们努力的一个目标。

http://blog.sciencenet.cn/blog-290052-383568.html

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