过去很长时间以来，人们都认为卵菌是真菌，因为卵菌也是丝状体，获得营养的方式也是吸收。但卵菌有很多其独特的特征（表1），其单倍体的卵子接合产生二倍体的卵孢子，而真真菌不产生卵孢子；细胞壁成分是b-葡聚糖和纤维素，而真真菌则是几丁质。卵孢子产生游动孢子，游动孢子的鞭毛有二种类型，一种是以鞭动形式，后导向；而另一种则是茸鞭毛，前导向。所以，又称该群生物为异鞭毛生物。尽管真真菌中的壶菌也产生游动孢子，但其游动孢子的鞭毛只有一种鞭动后导向鞭毛。第四个显著的不同是卵菌的营养细胞一般是多核菌丝，无隔膜，核是二倍体，其生活史中主要是二倍体。而真真菌绝大多数的菌丝有隔膜，一个细胞中含有一个、二个或多个单倍体核。但一些卵菌也能够产生单细胞的菌丝。

卵菌与真真菌的主要差别

电镜观察卵菌和真真菌的超显微结构也有明显不同。卵菌的线粒体是管状脊，与异鞭毛藻类相似，而真真菌的线粒体是板片状脊。因此，卵菌应属于无色的藻类而不是真真菌。推测卵菌可能是管藻失去叶绿体后改变为腐生型，但有待进一步的证据。

rDNA序列分析表明，卵菌和异鞭毛藻类或藻类具有共同的祖先，尤其是卵菌中的丝壶菌门（Hyphochytridiomycota）和网黏菌门（Labyrinthulomycota）与藻类的关系更为紧密。藻类中的异鞭毛藻与其他藻类明显不同，其具有和卵菌相同的线粒体管状脊和其他超显微结构。能够进行光合作用的藻类含有叶绿素c和其他色素，这些色素在其他生物中没有。

真真菌中有五个主要类群。壶菌门（Chytridiomycota）在某些方面与卵菌中的水霉目（Saprolegniales）相似，都是水生，以更为细小的生物和碎片为食，接合菌门(Zygomycota)绝大多数的菌丝也没有隔膜，与卵菌相似。丛枝菌根真菌曾被认为是接合菌，因为它们也产生有接合孢子，然而，分子分析发现，这些丛枝菌根真菌与接合菌有明显不同，而应将它们独立设为一个门球囊菌门 (Glomeromycota)，化石记录表明，这些真菌在泥盆纪即与陆生植物共生。

真真菌的另二个类群是子囊菌和担子菌。子囊菌包括绝大多数地衣真菌、酵母菌、羊肚菌 Morels、盘菌、微小真菌如核菌纲(Pyrenomycetes)及其无性态，过去称之为半知菌。这些半知菌门中的丝孢纲(Hyphomycetes) 和腔孢菌（Coelomycetes）现在都可归为与之相近的子囊菌中。担子菌包括绣菌、黑粉菌、蕈菌、腹菌纲(Gasteromycetes)、胶质菌和多孔菌。

过去认为是真菌的根肿菌门（Plasmodiophoromycota）也不是真真菌，它们与藻类也具有共同的祖先。粘菌也不是真真菌，它们具有独立的进化谱系。