在原始社会，人类从朦胧中走来，所有的知识都浑然一体。到了古代，希腊人把所有对自然界的观察与思考，都笼统地包含在一门学问里，即自然哲学。中国人也一样，甚至社会知识、自然知识也不区分，统称为学问。那时候，生产力水平底下，人们对大自然的认识是直观统一的，还不可能“对自然界进行解剖和分析。随着生产力的进步，人们开始从不同侧面和角度分门别类地研究客观世界，恩格斯在《自然辩证法》中描述，“把自然界分解为各个部门，把自然界的各种过程和事物分成一定的门类，对有机体的内部按其多种多样的解剖形态进行研究，这是最近四百多年来在认识自然界方面获得巨大进步的基本条件”。

在西方，最早的学科分类思想源自柏拉图。亚里士多德在历史上首次明确提出的“学科”概念并进行了学科分类，他对包罗万象的哲学进行了分类，所有科学（即学科）都称为广义的哲学，哲学（狭义）被分类为理论科学，包括物理学、数学和形而上学；实践科学，包括伦理学、政治学、经济学；诗的科学。

中国的学科分类思想源自周代，中国传统知识分类最早有“六艺”，之后出现过“七略”、“四部”等不同的分类方法，尤其是以典籍文献体裁为分类标准的“经、史、子、集”四部之学成为中国传统知识系统的典型代表。

16世纪的科学革命主要是天文学和生命科学的革命，17世纪的科学革命主要是物理学和数学的革命，18世纪则是一场技术革命和化学革命。经过16-18世纪各门学科的革命,导致了古代混沌的自然哲学的分化，尤其是自然科学方面形成了一门门独立的、系统的学科体系。17世纪以来，先是天文学、力学、物理学、化学、生物学等各门具体自然科学逐渐从自然哲学中分化出来，并建立起了各自独立的学科范式与研究目标，开始了人类知识体系在学科意义上的分化过程。到了19世纪前后，随着自然科学的迅速发展以及社会生产力发展水平不断提高，社会结构发生深刻变革，社会现实问题日渐复杂，从而催生了人文与社会科学领域的许多学科，诸如社会学、经济学、法学、政治学等学科纷纷从哲学中分化出来，并确立了各自独立的学科地位。

而在中国，近代社会特殊历史背景中传统知识系统遭遇西方学科的冲击，“四部之学”逐渐被取代，大学学科体系按照分科立学原则初建成形。

学科的分化使单一学科愈来愈细，愈来愈专门。但是，在学科分化同时，又出现了学科融合。英文中，“交叉学科”“学科交叉”与“跨学科”通常使用同一个词，即“Interdisciplinary”。该词最早出现于20世纪二、三十年代西方文献中，是由美国哥伦比亚大学心理学家伍德沃斯（R.S.Woodworth）于1926年首创的一个专门术语，认为跨学科是超越一个已知学科的边界而进行的涉及两个或两个以上学科的研究领域。当时，美国社会科学研究理事会提出它的主要职能是发展涉及两个或两个以上学会的研究，而“学科交叉或跨学科”一词是该理事会会议速记使用的记录文字，但未普及。1930年，美国社会科学研究理事会(SSRC)在一份有关理事会的目标的声明中，正式使用“学科交叉或跨学科的活动”的说法。1937年，《新韦氏大词典》和《牛津英语辞典增补本》首次收入“学科交叉或跨学科”一词。到了50年代，这一术语己在社会科学界被普遍使用，到了60年代，这个词被自然科学家、教育学家等广泛使用。

20世纪60年代以来，学科分化与学科整合这两种趋势同时并存，互为补充。学科交叉是与学科分化相对而言的。学科分化是指学科因纵向分粟而出现的细密化现象，具体地说，它表现为由一门母学科通过科研而分化出一门或一门以上的具有新质的子学科。学科交叉是指学科间因横向有机联系而出现的综合化现象，具体地说，它表现为两门或两门以上学科某一内容或某些方面通过科研而进行的综合性或概括性的有机整合过程。

1968年，第一次国际跨学科研讨会召开，学者Koester编著了会议论文集《超越还原论：阿尔巴赫问题论丛》，成为世界上第一本研究跨学科的书籍，同时标志着学科交叉研究的开始。1970年9月7日，一个以“跨学科”为主题的国际学术讨论会在法国尼斯大学召开，该会对跨学科研究、跨学科教育问题作了系统、全面探讨，会后出版了文集《跨学科学——大学中的教学和研究问题》。1976年，英国创建了《交叉科学评论》期刊标志着学科交叉研究进入了一个新的研究阶段。1980年，国际跨学科协会成立，该学会先后召开各类世界性跨学科学术研究会议。1990年，美国跨学科专家J.T.Klein出版了第一部由一个人执笔的完整的跨学科学专著：《跨学科学——历史、理论和实践》，标志着跨学科学进入了一个系统全面发展的新时期。

我国的跨学科运动萌芽于1950年代，当时一批新兴交叉学科如运筹学、技术经济学、科技史等相继创立，受到学界的重视。最具代表性的是著名科学家钱学森关于工程控制论的研究，大大拓宽了控制论的研究领域。那么国内关于学科交叉的研究，标志性时间是1985年4月，我国首届交叉科学学术讨论会在背景的召开。90年代迎来了我国跨学科理论探索的小高潮，一系列跨学科学的专业理论著作相继出版。1991年、1998年由浙江教育出版社出版了刘仲林主编的《跨学科学导论》和《现代交叉科学》等专著。

从20世纪后半叶开始，由于研究一些复杂的问题需要多个学科的知识，学科发展又出现了融合的趋势，传统经典学科间的界限被不断打破，学科的边界被重新划分，一些交叉学科（如物理化学、分子生物学）和多学科的研究领域（如女性研究、城市研究、脑科学研究）开始大量出现，并且在大学中也逐渐确立了学科的合法性。

学科分化的趋势还在加剧，但同时各学科间的交叉联系越来越紧密。学科交叉点往往就是科学新的生长点、新的科学前沿，这里最有可能产生重大的科学突破，使科学发生革命性的变化。学科交叉融合是科学技术发展的必然趋势和主流方向。重大科研创新项目需要多学科、多专业的整合、联合攻关才能解决。交叉学科的发展对于高校学科建设培养新的增长点，提升高校核心竞争力具有重要意义。自然科学与人文社会科学相互渗透、自然科学各学科之间规划整合，形成科学发展的必然需求。《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020年)》强调:“加强基础科学和前沿技术研究,特别是交叉学科的研究。”“十三五”规划遴选了118个学科优先发展领域和16个综合交叉领域，在重大学科领域非常注重学科交叉。随着社会的发展，尤其在信息技术快速发展的今天，在信息技术成为其他各种学科发展新的增长力之后，学科整合开始受到了人们越来越多的关注。当前学科发展的总体趋势又开始由学科分化走向学科整合，学科整合的显著标志和重要成果就是交叉学科时代的到来。

学科发展是一个持续动态的过程。学科的演化过程从最初的整合，后来随着科学技术的不断发展开始经历分化，随着学科高度分化的同时，学科发展又开始进入到交叉融合的阶段，学科经历着综合、分化再综合的演化过程。学科之间的交叉融合成为目前学科发展的一个主要趋势，大量原创性科研成果的产生、新的学科增长点的培育以及优势学科方向的凝练，都依赖于多学科之间的相互交叉与融合。最近 25年，交叉性合作研究获得诺贝尔奖项的比例已接近一半（49.07%）。

学科交叉融合是学科历史发展的必然趋势。各个门类的学科在高度分化的同时，不断走向综合，促进跨学科研究不仅能在学科交叉地带发现新的研究领域和新的学科增长点，能够带动整个学科或者其他分支学科的发展，有助于解决人类社会和科技的重大问题。