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教学相长-第一篇SCI文章诞生记 精选

已有 23993 次阅读 2015-10-3 06:04 |个人分类:科研历程|系统分类:论文交流

前言:2015年的国庆长假,对于我来讲,有点不一样,安心宅在家里/学校。这样的黄金周一般不会出去旅游。经验嘛,出去就是看海看山-其实是人山人海(people mountain,people sea)。

秋天是收获的季节,也是总结的时候,总结以往,以利前行。

在回国之前的两三个月,在MD安德森肿瘤中心(MD Anderson Cancer Center, Houston,TX),曾两次向林先生请教回国课题的可行性,其实当时想法很不成熟,但毕竟想了。跟博士生DENG也讨教过,基本想到一起,不过他对肿瘤免疫更具独到见解。

回来后安排妥当,已经八月中旬,新的学期马上开始了。那么可以预期的问题,马上要毕业的研究生是否能有SCI文章(基本上可以理解为,用英文发表科研文章)毕业?

前期准备

时间回到四年前(2011年)的秋天。我们实验室来了个要求实习的学生,主动联系的学生,我都答应的。因为课程(微生物学)的关系,所有的学生我都教过,其实对她没有多少印象,专门回去查了一下,学习成绩不错,张冰洁(女,Bingjie-Zhang)。

这样,要选定个题目。2011年,我们课题组(2010年组建)基本比较成熟了,肯定做microRNA(小片段RNA,没有编码蛋白功能,主要为调控功能)。

那么做什么?做丹参酮与肿瘤的关系。

因为李老师在哈佛大学医学院曾经做过相关工作,但未涉及非编码RNA。这个药物能够抑制肿瘤细胞是公认的。我们的课题是:丹参酮-microRNA-肿瘤之间的关系,能不能联系起来?当然联系也基本能够肯定。关键是哪个microRNA。

这样,这个同学就开始了。开始我们也没有多少信心。大半年过去了,毕业时的结果还可以。

该同学写作能力及文献阅读把控能力超出一般学生,不断有自己的想法。我认真修改了她的毕业论文,答辩,效果很好。一年后,获学校优秀本科毕业论文。

其实,临近考研的时候,我曾经问过,你不考研吗?答:我保送上大了。哦,惊讶中!

三四月份,公布研究生分配名单,这个学生在我的名下。更加惊讶!

我问:你怎么报了我的名字。学院很多知名教授。言下之意:我没有带过这样的学生,不能耽误他们。她只是说,组里老师、同学很好。

压力很大,好在他们这届学生当时没有要求SCI文章毕业。

这样毕业论文以本科毕业为基础,继续。基本的技术和方法应该没有问题,其实当时很多我也不知道,也是慢慢补课,学习的。毕竟2011年开始,我们才定下microRNA与肿瘤这个方向。

课题进展

当然课题出现很多问题,我也不是很懂,当时确实是不懂,需要学习东西太多,更有教学任务。大多数情况是,我们都去找文献,看看别人怎么做,坚定这个课题方向。

2013年4月我去MD 安德森进修。看得出,学生比较紧张,因为老师出去了,不知道什么时候回来,虽然理论上说的是一年。

在MD期间,其实自己非常痛苦,不是说生活,而是语言,课题方面,自己欠债太多。

基本每过一段时间与在读的几个研究生交流一下课题进展情况,其实以当时的状况,根本无法指导他们。现在想来,主要体现了导师的重视,给他们压力。感谢组里老师的协助指导,感谢高科技-可以视频交流。

在MD的时候,学生已经将英文的文章草稿写成。那个时候的文章,可以算作草稿的草稿。学生在上面写了很多东西未完成的工作(待完成),这一点是我自己学生时代连中文文章都无法做到的。比如,该地方要加文献,这个地方结果要重做,再次核实,这个结果约两个月补上去。这是个不错的计划,不错的习惯。第一篇SCI文章有可能,只要是SCI就行。此时离毕业还有一年多呢。

时间不等人,课题得加速,却感到无能为力。回国后,自我感觉阅读及把控文献能力明显提高,自己对课题理解不断加深。文章草稿框架改了N回。

投稿进行

10月准备正式组稿,整理资料。某天浏览文献,所确定的microRNA-32在NATURE上有篇文章中讨论部分出现。

细看在补充材料中提及:这个microRNA是个家族(family),一共有四个主要成员。

赶紧将学生叫过来,问:其他几个microRNA做了没有。答:好像都做了,并且还不止,其他还有。我说确认一下,这样我们的文章的档次就上去了,投稿3分期刊,应该可以试试(影响因子IF大于3,一般来讲在生命科学领域算及格,根据自己的观察及学校考核要求得出的结论)。

我们在不断的修改组稿,随着阅读相关文献的增多,学生数据的整理。我觉得文章可以试着投五分左右的文章。

原因:丹参酮是药物;数据很多;microRNA是研究热点;丹参酮、microRNA、肺癌机理没有人涉及到。

选哪个期刊:我们投稿应该在12月份,学生毕业在5月份递交答辩材料。

综合考虑:审稿快;主流期刊;影响因子5以上的期刊(不过当时只是梦想能中。投,光脚不怕穿鞋,我们又不损失任何东西)。

前期正式准备:按格式不断修改;英文文字、图不断修改。投稿前,找一英文公司通稿,过语言关。

投稿:如何在SCI文章投稿? Cover letter (给杂志的投稿说明信)等一系列操作从来没有做过,学!一周后投稿成功。

等待中!

其实任何结果,包括第二天就拒稿,我们也可以接受。起码看看审稿人的意见也是受益。

18天过去了,编辑部来信,意见:重大修改。给修改时间3个月。

没有拒稿。这就是巨大胜利。后面的路要走好。

如何回修

针对3个审稿人的意见,我们先看看那些比较容易的问题,用了1个月的时间,简单问题基本解决。

主要针对其中的两三个核心问题。

其中两个棘手问题,一时无法解决,如鲠在喉!

1.为什么我们实验关于细胞周期的,一般文章中阻滞在G2/M期,而我们的在G0/G1期?

当时感觉很难回答。查文献,查了很多,几乎快要放弃。

重新换关键词,发现一篇极重要文献:人家也是G0/G1期。如获至宝,太合适了,完美的解释,文章的级别很高。这样从侧面证明了我们的结果。

2.如何证明这个药物通过转录因子进行作用的?

其实是两个问题,你要找到这个所谓的转录因子,第二去做实验证实。

我们分头找文献,我找到AR(雄性激素),并且有完整的文献,该文献影响因子相当高。学生最后就做AR,不到一周结果就出来了,结果如预期,非常好(她的执行力是我见过的学生里最好的)。

万事俱备。我们将所有问题都回答好,重新将文章修改好,上传。

此时发现:在回修文章的时候应该有个回修信。

非常重视:根据我们的实际情况,尽最大可能写好回修信。

成功回修完毕。

等待中!

完美结局

意外的事出现了:第二天收到信件。我以为我们投递出了问题。打开一看:根据回修情况,直接录用!

号外!赶紧告诉学生、相关老师。

五月份,文章确定。我们又发现文章排版出现很多小的问题,一一写明。

五月十四日,文章在线发表(online)。

文章在线发表了!八月正式出版!

讨论

1.课题确定很重要。关键是坚持,做N多数据。

2.数据分析,提高。分析已经有的数据,文献更新十分重要。

3.过语言关,讲个好故事。


后记:学生6月份答辩,刚好新的影响因子公布期刊IF超过6。

回首大半年的投稿经历:教学相长-教指的是老师,学指的是学生。

投稿文章,我们还是新手,一直在路上!

写的像个论文,玩笑之作。贻笑大方!


顺便回答一些问题:


张冰洁:这样走进科研领域http://blog.sciencenet.cn/blog-2757522-927425.html




https://blog.sciencenet.cn/blog-2757522-924972.html

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