（四）添加盒子

$gmx/editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0

** -f 输入复合物的gro文件
** -o 输出含盒子的结构文件，newbox.gro
** -bt 定义水盒子形状：triclinic（三斜体）, cubic（立方体）, dodecahedron（十二面体），octahedron（八面体）
** -d 定义盒子的尺寸，即盒子边缘距离分子边缘的距离（单位：nm），通常不能小于0.85nm。

（五）在盒子中放入溶剂

$gmx/genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro

** -cp newbox.gro 输入含盒子的结构文件
** -cs spc216.gro 指定spc水盒子
** -p topol.top 输出含溶剂的复合物top文件，文件名不变topol.top
** -o solv.gro 输出含溶剂的复合物gro文件，文件名solv.gro


（六）编写能量最小化配置文件em.mdp
用记事本编写如下参数，保存为em.mdp

; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title        = Minimization    ; Title of run

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator    = steep        ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol        = 1000.0      ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
emstep      = 0.01      ; Energy step size
nsteps        = 50000          ; Maximum number of (minimization) steps to perform
energygrps    = system    ; Which energy group(s) to write to disk

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist            = 1            ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type            = grid        ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist            = 1.0        ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype        = PME        ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb        = 1.0        ; long range electrostatic cut-off
rvdw            = 1.0        ; long range Van der Waals cut-off
pbc             = xyz         ; Periodic Boundary Conditions

（七）grompp预处理

$gmx/grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

** -f em.mdp 指定配置文件
** -c solv.gro 指定输入的结构文件
** -p topol.top 指定输入的top文件
** -o ions.tpr 输出用来运行mdrun的tpr文件

此时注意到系统提示带6个正电荷：
NOTE 2 [file topol.top, line 10674]:
 System has non-zero total charge: 6.000001
 Total charge should normally be an integer. See
 http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
 for discussion on how close it should be to an integer.


（八）添加抗衡离子

$gmx/genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 6

** -s ions.tpr 输入预处理得到的tpr文件
** -o solv_ions.gro 输出添加了抗衡离子后的gro结构文件
** -p topol.top 输出top文件
** -pname NA 添加的阳离子类型
** -nname CL 添加的阴离子类型
** -nn 6 添加阴离子的个数

此时注意到系统提示“Select a continuous group of solvent molecules”，选择溶剂，即：
Group    15 (            SOL) has 31341 elements
系统自动将溶剂中的某些原子用氯来代替。
并且可以发现topol.top 文件中增加了溶剂和抗衡离子项：
[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
JZ4                 1
SOL             10441
CL                  6