博主按：这次整理一下去年在厦门生物多样性会议报告内容，写成一篇适合R的初学者参考的利用R做排序的文章，并已经被“中国生物多样性保护与研究进展Ⅸ— 第九届全国生物多样性保护与持续利用研讨会论文集”收录。希望大家选择R代替CANOCO来进行排序分析。

“基于Vegan 软件包的生态学数据排序分析
赖江山 米湘成
(中国科学院植物研究所植被与环境变化国家重点实验室，北京 100093)
摘要：群落学数据一般是多维数据，例如物种属性或环境因子的属性。多元统计分析是群落生态学常用的分析方法，排序（ordination）是多元统计最常用的方法之一。CANOCO是广泛使用的排序软件，但缺点是商业软件价格不菲，版本更新速度也很慢。近年来，R语言以其灵活、开放、易于掌握、免费等诸多优点，在生态学和生物多样性研究领域迅速赢得广大研究人员的青睐。R语言中的外在软件包“Vegan”是专门用于群落生态学分析的工具。Vegan能够提供所有基本的排序方法，同时具有生成精美排序图的功能，版本更新很快。我们认为Vegan包完全可以取代CANOCO，成为今后排序分析的首选统计工具。本文首先简述排序的原理和类型，然后介绍Vegan的基本信息和下载安装过程，最后以古田山24公顷样地内随机抽取40个20m×20m的样方为例，展示Vegan包内各种常用排序方法（PCA,RDA,CA和CCA）和排序图生成过程，希望能为R的初学者尽快熟悉并利用Vegan包进行排序分析提供参考。
关键词：R语言，软件包,群落分

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