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数据:tree.rda
利用同一数据,演示不同软件包:lme4、nlme、MCMCglmm和asreml估计BLUE值和BLUP值的代码。
固定效应:Block
随机效应:Family
代码:
###############lme4中运行blue和blup的方法###############
load("tree.rda")
library(lme4)
df-lme <- lmer(Height~1+Block+(1|Family),data=tree)
print(df_lme)
anova(df_lme) ####求方差
ranef(df_lme) ####求随机效应的BLUP值
fixef(df_lme) ####求固定效应的BLUE值
####################nlme包中运行的blue和blup值#######################
library(nlme)
df_nlme <- lme(Height~1+Block,random = ~1|Family,data=tree)
print(df_nlme)
anova(df_nlme)
random.effects(df_nlme)
fixed.effects(df_nlme)
###############以上是mcmc包的结果,结果好像不符合blup和blue值###################
library(MCMCglmm)
df_mcmc <- MCMCglmm::MCMCglmm(Height~1+Block,random=~Family,pr = T,family = 'gaussian',data=tree)
summary(df_mcmc)
posterior.mode(df_mcmc$VCV)
posterior.mode(df_mcmc$Sol)
#######################以上是asreml软件包计算的结果###########
library(asreml)
df_asreml <- asreml(Height ~1+Block,random =~ Family,data = tree)
summary(df_asreml)$varcomp
wald(df_asreml)
coef(df_asreml)
参考资料:
童春发. 林木遗传模型统计分析及R语言实现[M]. 科学出版社, 2014.
林元震. R与ASReml-R统计分析教程[M]. 中国林业出版社, 2014.
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