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AMMI模型怎么看?

已有 400 次阅读 2019-7-31 20:13 |个人分类:农学统计|系统分类:科研笔记| AMMI, 双标图

0. AMMI模型定义

AMMI的全称:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。

AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。

公式:

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1. 主成分意义

参考:
https://www.slideshare.net/BalajiThorat/ammi-model-for-stability-analysis

AMMI分析中,将GbyE分为很多主成分,一般分析时使用PC1和PC2。

注意, 只有AMMI模型中PC1和PC2达到显著,AMMI模型分析才有意义。
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1.1 PC1

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一般来说,PC1是品种与环境互作中,品种对环境的响应比例,可以理解为互作中环境的影响。

1.2 PC2

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PC2代表品种与环境互作中,可以理解为互作中不属于环境影响的那一部分。

2. AMMI模型的两个图

AMMI模型分析中,一般做两个图:PC1 VS Means 和PC1 VS PC2。

2.1 PC1 VS Means

image.png
这里X坐标为品种的观测值(产量),Y坐标为
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  • 品种越靠右,说明品种产量越高
  • 地点越靠右,说明地点平均产量越高
  • 品种的y值越高或越低,说明互作效应越强
  • 品种或地点的PC1分数越接近于0,说明互作效应越小
  • 品种与地点越接近,说明品种在该地点适应性较好

2.2 PC1 VS PC2

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这里X坐标为PC1,Y坐标为PC2,通过这个图,综合考察基因与环境互作。

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这个图,描述的是基因与环境互作,但是没有考虑到G,只是显示的GbyE,GGE双标图的出现,考察基因与环境互作,GGE更好。

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