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PAUP*软件简明指南

已有 14434 次阅读 2010-3-26 00:14 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 进化树, 最大简约, nexus文件

PAUP*软件简明指南
PAUP* 全称Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods)是美国佛罗里达大学的David Swofford博士编写的,是用最大简约法建立进化树最重要的软件,同时与ModelTest软件一起,是进化模型筛选等的必备软件,也可以进行如极大似然法建树及其他分析。在同类软件中,几乎拥有最快的运行速度,性能卓越。PAIP*能在MacOS, Windows,Unix等平台上运行。目前最新版本为4beta10
      其网址为 http://paup.csit.fsu.edu
为方便刚刚接触PAUP*及进化分析的同行入门,本人写了一个简要说明。
真正正确的使用该软件,弄清楚算法的原理是必须的,这里推荐Lemey,Salemi and Vandamme主编的 The Phylogenetic Handbook, Cambridge University Press.

图1 PAUP* PC版界面





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2 张余杰 白昌明

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