张金龙的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zjlcas 物种适应性、分布与进化

博文

用RAxML构建极大似然进化树

已有 17445 次阅读 2010-3-24 21:28 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 进化树, 序列, RAxML, 极大似然

RAxML构建极大似然进化树

 

RAxML是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括上千至上万个物种,几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的A. Stamatak博士。 性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件,由于算法的优势,具有更高的准确性。RAxML支持分隔模型,每个分隔模型又支持GTRGAMMA等进化模型。因此在多个基因建立进化树的时候,该软件能快速准确的获得极大似然进化树。

RAxML有若干版本(有的版本支持在多个CPU上运行),本文以最常用的单机版raxmlHPC为例。进行检验介绍。

调用RAxML中的功能时,需要设置相应的开关,一般是将命令拷贝到.bat文档中,通过运行bat文件,执行RAxML,以得到相应的结果。

更具体的内容参见使用指南。

………………

参见pdf文档

RAxML使用指南.pdf



http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-305932.html

上一篇:R语言入门幻灯片
下一篇:PAUP*软件简明指南

1 高建国

发表评论 评论 (2 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-9-18 17:56

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部