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herblabel 0.9.2 整合《中国生物物种名录2019》的植物接受名

已有 4856 次阅读 2019-6-18 11:33 |系统分类:科研笔记

用于打印植物标本标签的herblabel程序包(张金龙等(2016))已经升级到0.9.2,以下是一些新特性:

1. 整合了《中国生物物种名录2019》(http://www.sp2000.org.cn/2019)中植物的接受名及对应的中文名,放入新增的数据集colcn2019中。该数据集中大约有100个左右的中文名对应两个接受的学名,使用时请注意。

2. 加入了数据集genera_cn,该数据集包括目前所有有中文名的高等植物属名。该数据集主要参考刘冰等(2015)的被子植物科属名称以及多识植物百科(2019)的苔藓、蕨类、裸子植物属名。

3. fill_dwc函数,现可以依据colcn2019数据库中的中文匹配出学名,并将属、种、命名人等信息自动填写到herblabel自带的darwin code模版中,使用时,设定fill_dwc的参数为 namedb="colcn2019"即可。

4. fill_dwc在匹配任何一个数据库时,如spfoc, spfrps, colcn2019, 都加入genera_cn一起匹配,这是因为有些种类打印标签时可能只能鉴定到属。

5. herbarium-label和annotation-label在核对接受名时,除了用原有的plantlist1.1的接受名检查之外,还加入了foc(Flora of China)、frps(《中国植物志》)、colcn2019(《中国生物物种名录》2019)的接受名,若输入的拉丁文在上述库中都找不到,会在输出为RTF文件时提示。

6. run-herblabel脚本(https://github.com/helixcn/run_herblabel),建议使用colcn2019数据框填写标签模版,以colcn2019中的中文名提取拉丁名。

7. 请使用 devtools::install_github("helixcn/herblabel") ,以更新到新版本0.9.2。


参考:

1. 张金龙, 朱慧玲, 刘金刚, Gunter A. Fischer (2016) 植物标本标签设计的原则及R程序包herblabel. 生物多样性, 24(12), 1345-1352.

2. 刘冰, 叶建飞, 刘夙, 汪远, 杨永, 赖阳均, 曾刚, 林秦文 (2015) 中国被子植物科属概览: 依据APG III系统. 生物多样性, 23(2), 225-231.




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