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Dmol3文献解读 | 具有过氧化物酶特异性的钼单原子纳米酶配位数调控

已有 1394 次阅读 2021-11-27 10:01 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

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哈尔滨师范大学赵景祥教授Chem:具有过氧化物酶特异性的钼单原子纳米酶配位数调控

纳米酶是一种具有类酶特性的纳米材料,结合了纳米材料和生物催化剂的优点。尽管这些纳米酶的稳定性和耐久性与天然酶相当,但特异性不令人满意仍然限制了它们作为天然酶替代品的广泛应用。由于纳米材料固有的结构复杂性,控制传统纳米酶的靶向类酶性能极具挑战性。在本文中,哈尔滨师范大学赵景祥等课题组成功报告了一系列异质钼单原子(MoSA)纳米酶的理论设计和实验实现。这些纳米酶的过氧化物酶特异性受单个 Mo位点的配位数很好地调节。MoSA-N3-C纳米酶具有卓越和特定的过氧化物酶活性。这种配位数依赖的酶专一性机制归因于这些MoSA–Nx–C过氧化物酶类似物的几何结构差异和前线分子轨道的取向关系。该研究证明了过氧化物酶特异性纳米酶的合理设计和酶性质的精确调控。

首先用理论计算(DMol3模块)设计了一系列具有不同 Mo–Nx( x= 2, 3, 4)配位数的多相单原子钼催化剂 (MoSA–Nx–C),并且显示了特定的 POD 模拟活性。因此,这些MoSA–Nx–C纳米酶清楚地证明了Mo单原子位点的配位环境与在原子水平上控制的过氧化物酶样特异性之间的相关性。根据DMol3计算的MoSA–Nx–C催化剂的几何结构和分子轨道可以很好地解释这些结果。由此产生的MoSA–N3–C单原子纳米酶具有卓越且独特的类过氧化物酶活性,且已成功应用于人类尿液样品中黄嘌呤的选择性和灵敏分析。

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图1. DFT计算

(A) 具有优化顶部结构的不同潜在类 POD 模型;(B) Mo-C3、Mo-N2、Mo-N3和Mo-N4结构上O2和H2O2吸附的吸附能;(C) Mo-C3、Mo-N2、Mo-N3和Mo-N4结构上H2O2和O2吸附能之间的不同值。

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图2. MoSA–Nx–C催化剂的合成方案和表征

(A) MoSA–Nx–C催化剂的制备策略示意图;(B)不同配位数的MoSA–Nx–C催化剂XRD谱;(C) MoSA–N3–C样品的HAADF-STEM元素映射(C,红色;N,橙色;Mo,绿色);(D–F) MoSA–N2–C (D)、MoSA–Nx–C (E)和MoSA–N4–C催化剂(F)的像差校正(AC)HAADF-STEM图像.

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图3. MoSA–Nx–C催化剂的结构表征

(A–C) MoSA–N2–C, MoSA–N3–C和MoSA–N4–C催化剂在C的K边(A)和N的K边(B)以及Mo的K边;(D和E)不同样品的Mo的K边的FT-EXAFS曲线(D)和WT光谱(E);(F–H) MoSA–N2–C (F)、MoSA–N3–C (G)、MoSA–N4–C催化剂 (H)的实验Mo K-edge XANES 光谱之间的比较,以及从不同描述的结构计算出的相应理论光谱。

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图 4. MoSA-Nx-C催化剂的类酶性能及催化机理的实验研究

(A) ox TMB溶液在OXD-like 或 POD-like反应系统中652 nm处的吸光度值以及使用不同MoSA-Nx-C催化剂的H2O2和O2吸附能之间的差异。误差棒表示± SD;(B) NH3处理前后MoSA–N3–C催化剂Mo 的K边的FT-EXAFS 曲线;(C) MoSA–N3–C催化剂在NH3处理前后的POD-like和OXD-like活性之间的 UV-vis 吸附值差异 (ΔA ) ;(D)当MoSA–N3–C催化剂在HAc–NaAc缓冲溶液(pH = 3)中被10 mM KSCN中毒或在0.1 M KOH碱性介质中回收时,ox TMB的紫外可见吸收光谱;(E)操作反应池设置的示意图;(F)类POD反应过程中MoSA–N3–C催化剂在Mo K边的原位XANES 光谱。

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图5. MoSA-Nx-C纳米酶配位数相关POD特异性机制的理论研究

(A–C)通过溶血或异溶途径激活H2O2的过程以及MoSA–N2–C (A)、MoSA–N3–C (B)和MoSA–N4–C上的HOMO结构带有顶视图或侧视图(C);(D)不同MoSA–Nx–C催化剂上类 POD机制的自由能图;(E) MoSA-N3-C结构上的类POD反应路径的催化机制;(F) Fe-N3、Co-N3、Ni-N3和Mo-N3结构上H2O2和O2吸附能之间的不同值。

基于DFT计算研究催化行为的原子级起源。当进行完整的几何优化时,H2O2分子可以在所有三种催化剂上自发解离。然而,相应的产物高度依赖于钼原子的配位。如显示在图5和5C ,吸附H2O2自发地分离成(O* + H2O)的中间体上的Mo-N2和Mo-N4结构部分由一个异裂路径。相比之下,两个OH Mo-O键长约为1.95 Å的基团是通过Mo-N3部分的均裂路径获得的(图 5 B)。通过使用对醌( p-BQ)和丁醇(TBA)作为超氧自由基(O⋅− )和 ⋅OH通过实验进一步证实了MoSA–N3–C催化剂的溶血反应途径分别为自由基清除剂。

Mo-Nx部分之间不同的分解行为可能归因于两个原因,特别是原子结构和前沿分子轨道的取向。MoSA–N3–C在C3v对称中具有非平面几何形状,其中Mo原子突出平面。由于H2O2到2OH*基团的解离,MoSA–N3–C中向外的3配位Mo位点将变为5倍配位(图 5 B)。至于Mo-N4部分,Mo原子完全嵌入石墨烯层中,具有四配位的Mo位点,优选将其改性为五配位结构而不是六配位结构(5C)。在MoSA–N2–C结构中,H2O2分解为2OH 基团,但这些基团会自发地变为O∗ + H2O。第二个因素是前沿分子轨道的方向。MoSA–Nx–C样品的不同最高占据分子轨道(HOMO)的顶视图和侧视图(x = 2, 3, 4)显示在图 5A -5C的底部面板中。大约0.40个电子从Mo原子的d轨道转移到H2O2的反键轨道。所有Mo-Nx部分都是这种情况。观察到H2O2的最低未占分子轨道(LUMO)和Mo-N3部分的HOMO之间更好的对称匹配作为水平吸附(图 5 B),而垂直配置更适合 Mo-N2上的H2O2吸附(图 5A)和Mo-N4部分(图 5 C)。

计算了类POD反应的相应自由能曲线,以提供对催化机制的深入理解。H2O2在Mo-N2、Mo-N3和Mo-N4部分的离解是高度放热的,自由能分别为6.57、4.77和6.33 eV(5D)。然而,随后的反应,包括OH*、H2O*物种的形成和H2O的解吸,是在自由能量分布略微上坡。相比之下,Mo-N3模型表现出比Mo-N2更好的催化活性和Mo-N4部分由于其较低的能量输入。这与我们对高效MoSA–N3–C POD模拟物的实验结果非常一致。5E和S31中呈现了各个阶段的相应原子配置。显示了从TMB底物到催化剂的电子转移、氧化TMB的形成以及来自酸性介质的质子转移。此外,MoSA–N3–C POD纳米酶的特异性和金属位点依赖性的酶特异性的影响也理论上通过采用Fe-N3系列评估,Co-N3、Ni-N3和Mo-N3结构。结果表明,获得的MoSA–N3–C显示出比其他基于金属位点的M-N3结构高的H2O2吸附能和ΔE ads值(图 5 F)。上述理论研究清楚地支持了MoSA–N3–C纳米酶表现出高效和特定的类POD性能的结论,并为理解其起源提供了框架。

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图 6. 类POD的MoSA–N3–C纳米酶的应用

(A) MoSA–N3–C电极对在–0.5 V与SCE下将H2 O2连续添加到0.1 M PBS溶液(pH = 5)中的电流响应;(B)具有不同H2O2浓度的ox TMB的吸收光谱;(C) H2O2检测的线性校准图(插图:相应的颜色变化);(D)黄嘌呤比色检测示意图;(E)具有不同黄嘌呤浓度的ox TMB的吸收光谱;(F)黄嘌呤检测的线性校准图(插图:相应的颜色变化)。误差棒表示± SD。每个点重复三遍。

Ying Wang, Guangri Jia, Xiaoqiang Cui, Xiao Zhao, Qinghua Zhang, Lin Gu, Lirong Zheng, Lu Hua Li, Qiong Wu, David J. Singh, Daiju Matsumura, Takuya Tsuji, Yi-Tao Cui, Jingxiang Zhao, Weitao Zheng, Coordination Number Regulation of Molybdenum Single-Atom Nanozyme Peroxidase-like Specificity. Chem, Volume 7, Issue 2, 2021, 436-449,

ISSN 2451-9294.

文章链接:

https://doi.org/10.1016/j.chempr.2020.10.023

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