Gromacs安装问题

设置路径

1.环境变量（依赖软件的路径）

2.安装软件的路径（我们一般安装的系统没有root权限，我们应该在有权限的路径下安装）

设置路径：

a). –bashrc

b). export

c). pkg

之后进行环境依赖关系的识别

a)     ./configure

b)     cmake

环境变量的设置

a). lib .so

b). include .h

设置gromacs环境时需要用到fftw安装包下的shared, libr, include等路径的查询。

Ubuntu系统下VMD安装及环境设置

1.首先在vmd官网下载软件，解压缩：tar -xvf *.gz

2.进入到解压后的文件中，修改安装路径和设置lib的路径：

  vi configure

  按i进行修改

  设置安装路径：$install bin dic…（修改为要安装的路径）

  设置lib路径：$lib bin …….（修改为要安装的路径）

3. less configure命令查看

   cat configure

4. 通过3的查看，可以选择我们需要安装的东西

   ./configure LINUXAMD64 OPENGL TCL COLVARS

   其中TCL语言对于VMD高级用户很重要，COLVARS是计算自由能时需要用的。

5. cd..       #回到上一级目录中

   cd src   #进入src文件中

   make install   #安装

6. 测试。进入安装路径下bin文件夹下的vmd文件中，命令./vmd

    可以调出vmd，表示安装成功。

7. 设置环境变量。

   pwd   #记下此时vmd的路径

  cd ~

  vi .bashrc

  将vmd的路径加到.bashrc中，退出vi编译器

8.source .bashrc

   终端输入vmd，可以调出可视化界面表示设置成功。