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Bulk sequencing for QTL analysis pipeline 1

已有 1979 次阅读 2017-4-21 19:05 |个人分类:生活点滴|系统分类:科研笔记

1. Preparing data

1. download reference genome andannotation file

2. Trim data and data statistic analysis

Fastq-tools for trim data and statisticanalysis, removing out  low qualityreads.

For example:

fastq_quality_trimmer -Q33 -t 30 -l 80 -i  R1.fastq -o R1t.fastq




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