毕达哥拉斯学派是由古希腊哲学家、数学家和音乐理论家毕达哥拉斯(Pythagoras, 约前580年—前500年)创立的。他们致力于哲学和数学研究，提出了与米利都学派不同的观点，他们认为，世界的本原不是物质性的（即使阿那克西曼德的无限也是物质性的），而是形式方面。；“万物皆数”，数是现实的基础，是决定一切事物的形式和实质的根据，是世界的法则和关系，由这个本性（nature）就可以解释事物不同的表现。毕达哥拉斯的弟子菲洛拉乌（Philolaus）就说：“一切可能知道的事物，都具有数；因为没有数而想象或了解任何事物是不可能的。”

他们正是凭着一种对“万物皆数”的神秘信仰，进行数学研究，获得了许多关于自然的重要认识。他们对自然界的数学探求，以及用已经掌握的数学知识去解释说明自然现象和社会现象的认识传统，是值得称道的。这是从另一个不同的途径来解释事物，即不是通过构成事物的物质或实体来解释事物的行为，而试图用它们的形式，也就是被看作是某种可以给予数学解释的东西，即它们的结构，来解释它们的行为。通俗地说，就是通过数学来解决物理学的问题，进行天文学预测或宇宙学思辩，以便获得更加清晰而确定的知识。毕达哥拉斯学派这种看待事物的方式，这种最早在事物中寻找数的研究，这种试图为有关的自然知识提供量化的数学基础的努力，对数学和自然科学发展的影响是重大的。这是人类最早用数学来表征事物的范例，预示着从数学的角度认识自然、用数学语言表征自然这一重要方法的创立，开创了从数学角度说明自然规律的先河，应该说科学数学化正是从这里发源的。

当然，从今天的观点来看，世界的本原是否是数仍然存在争论，科学也不能等同于数学。但是，我们不得不承认，科学的起源和发展离不开数学，数学是认识世界必不可少的工具。