现在建筑意义上的江南贡院，只是沿着秦淮河北岸的狭长院落，属于南京科举博物馆的一部分。历史上的江南贡院，包括整个科举博物馆及其周边区域。

江南贡院的历史漫长又复杂。南京的贡院起源于1168年(宋乾道四年)的建康府贡院，1421年(明永乐十九年)开始建造江南贡院。明代鼎盛的标志或许是1534年(嘉靖十三年)建成明远楼，离秦淮河较远，不在现在的贡院之内。清代江南贡院继续扩建。特别是长毛之乱之后，同治年间在封疆大吏曾国藩李鸿章等努力下，江南贡院规模成为全国之最。1873年(同治十二年)，考试号舍有两万多间。1905年(光绪三十一年)停科举，随后贡院大部分建筑被拆除。现在江南贡院内的魁星阁始建于乾隆年间，屡建屡毁，原貌似不可考。现存的建筑可能是八十年代所建，不是很确定。“江南贡院”四个大字，不知是何人题写。

贡院内三座全身雕像，分别是郑板桥、吴敬梓和吴承恩。郑板桥三十九岁在江南贡院中举，四十三岁中进士。吴敬梓十八岁中秀才后到江南贡院应试，住秦淮水亭，屡试不中，后来写了《儒林外史》。吴承恩二十六岁到江南贡院乡试，随后多次落第，最终也没有中举，四十二岁被保送国子监就读，后来写了《西游记》。《儒林外史》和《西游记》都是乡试落榜生所写。出口处有唐伯虎雕塑，他十六岁时考秀才名列榜首，二十九岁在南京贡院乡试再次第一，故称“解元”，两年后在北京参加会试因弊案而入狱。后来就无意仕进，长于诗书画。