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浅论如何办好专业期刊-以投稿《生物化学与生物物理进展》的经历为例

已有 1198 次阅读 2019-3-22 12:07 |个人分类:Science in action|系统分类:观点评述

浅论如何办好专业期刊


以投稿《生物化学与生物物理进展》的经历为例


四个月的等待,今天终于有了”结果”, 《生物化学与生物物理进展》(中文)杂志终于发来消息,但“终审”结论因为缺乏合理逻辑关联让人感觉难以接受!


为了帮助有关专业期刊办得更好,更好服务于广大科、教工作者,现结合我们的具体经历分析如何才能更好地办好专业期刊。


我们稿件的信息:


20180338退火酶SMARCAL1的分子生物学研究进展2018-12-24已退稿

摘要:
SMARCAL1属于SWI/SNF相关、基质相关和激动蛋白依赖的染色质调节因子家族成员,具有催化单链结合蛋白RPA结合的DNA单链重新形成双链DNA的DNA“退火”酶. 人群中,Schimke免疫骨性发育不良(SIOD)所表现出的症状与Smarcal1基因的突变类型密切相关. 本文对SMARCAL1在DNA损伤位点部位的DNA复制叉的重塑,在DNA双链断裂部位利用经典的NHEJ/MMEJ机制修复DNA双链断裂以及在端粒完整性维护等过程中的作用机制进行了解析,同时,对SMARCAL1基因的不同基因突变类型与SIOD症状的相关性进行了梳理. 以加深对SMARCAL1的分子生物学和分子病理学机制的理解.

关键词:
SMARCAL1,RPA, DNA复制叉,SIOD

附件 :图1  图2  图3  图4  



先看看三位外审专家的审稿意见

外审专家一:

请对稿件的总体水平做出评价(综述类稿件请从论文选题及内容的重要性与新颖性、学术参考价值、层次结构安排及有无重大科学错误等方面综合评价;研究报告类论文请从论文的理论应用价值、创新性、实验方法的可靠性及结论的合理性等方面综合评价):


该文重点综述了有关SMARCAL1基因参与DNA复制叉重塑、DNA损伤修复和端粒长度维持中的作用。内容上有一定的新颖性。


请具体指出稿件需要改进之处(包括实验设计、数据处理、分析讨论、术语使用、文字、图表、中英文摘要及参考文献):


综述在如下方面应该进行补充:

(1)SMARCAL1大肠杆菌中的同源体RecG主要起解旋酶的活性,SMARCAL1除了起退火酶活性外,起解旋酶活性起何种生物学作用;

(2)SMACAL1与人类解旋酶成员RecQ家族在DNA复制和损伤修复过程是否和如何发挥协同作用

(3)SMACAL1是ISWI家族复合物中的一员,其他成员是否存在和SMACAL1一样的调控作用。

(4)术语和语句用法上有缺陷,如摘要中的第一和第二句,语法有问题;展望中SIOD症状的外显,用表型比较合适;等


外审专家二:

请对稿件的总体水平做出评价(综述类稿件请从论文选题及内容的重要性与新颖性、学术参考价值、层次结构安排及有无重大科学错误等方面综合评价;研究报告类论文请从论文的理论应用价值、创新性、实验方法的可靠性及结论的合理性等方面综合评价):


本文中作者对SMARCAL1蛋白在停滞复制叉重塑、DNA双链断裂修复及端粒完整性维护中发挥作用的分子机制及SMARCAL1编码基因突变与SIOD症状相关性两部分进行综述。这两部分从内容上看前详和略,有失平衡;作者应适当加强第二部分内容。


请具体指出稿件需要改进之处(包括实验设计、数据处理、分析讨论、术语使用、文字、图表、中英文摘要及参考文献):

1. 缺少必要的引文,综述中每个结论都应有相应研究工作的引文,例如p3第1段第3句;p6第1段第8句及其他。

2. 错引,p4第1段第6句。

3. NHEJ不等同与MMEJ,不能用NHEJ/MMEJ表示。

4. 基因名应斜体,文章中不统一。

5. 部分专业术语英文缩略语未在且只在第一次出现显示全称,例如NHEJ,MMEJ等无全称;annealing helicase出现多次。另,如果用缩略语表示,不能出现不同

的表述方式,例如DNA-PK全酶复合物在p4上用了DNA-PKcs/K70/Ku80和Ku70/K80/DNA-PKcs两种写法。

6. 书写格式问题:全文的句号都是英文输入的点(.); Table1的标题首字母应大写。159与bp间应空格。


外审专家三:

请对稿件的总体水平做出评价(综述类稿件请从论文选题及内容的重要性与新颖性、学术参考价值、层次结构安排及有无重大科学错误等方面综合评价;研究报告类论文请从论文的理论应用价值、创新性、实验方法的可靠性及结论的合理性等方面综合评价)

SMARCAL1是真核细胞内一类依赖ATP的染色质重塑酶SNF2家族的成员,其功能缺陷导致Schimke免疫骨性发育不良(SIOD)。目前已知其在DNA复制叉稳定性维持、DNA 损伤应答等发挥重要作用。本文对其目前研究进行了概述,有较好的学术参考价值,层次安排较合理。


请具体指出稿件需要改进之处(包括实验设计、数据处理、分析讨论、术语使用、文字、图表、中英文摘要及参考文献)


1, 在介绍SMARCAL1与DNA复制叉的维护中,作者写到“磷酸化修饰过的SMARCAL1 可以有效的通过与ssDNA结合的RPA与停滞的DNA复制叉结合。利用其退火酶活性使DNA复制叉进行“分支迁移”和“分支重塑””。感觉这段描述不是很明确,目前已知SMARCAL1磷酸化能发生在不同位点,并且不同位点磷酸化功能不同(参见 Lisa A. Poole & David Cortez (2017): Functions of SMARCAL1, ZRANB3, and HLTF in maintaining genome stability, Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology, DOI:10.1080/10409238.2017.1380597),建议作者尽量完善这部分。

2, 本文标点符号比较乱,特别是误用英文的句号(.)代替中文的句号(。)


再看看《生物化学与生物物理进展》编辑部的终审意见:


终审意见:

1.缺少必要的引文;选题偏窄

2.本刊版面过于紧张。

建议退稿。


终审意见“1"中的“缺少必要的引文”估计在错误理解外审专家二的建议之后给出的。

至于“选题偏窄“ 让人觉得不能理解,本来《生物化学与生物物理进展》这个刊名就不够宽,而且其中的“综述与专论”中明确有“专论”这一项,对一个“专题”进行“论” 这不就要求“窄”不是吗?再者说,在“初审”的时候如果这是个问题不就应该给指出来,直接拒掉吗?


看看《生物化学与生物物理进展》最新一期的列表

综述与专论





脑病相关神经节苷脂研究进展


磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸调控细胞迁移的研究进展


硒结合蛋白1的生物功能及其与疾病的关系


血小板环状 RNA研究进展


lncRNA选择性剪接调控的研究进展




老年人认知训练的神经机制研究




细菌表面展示技术研究新进展




肽段的理论串联质谱图预测方法研究进展


唾液酸苷酶的催化机理及水解与合成寡糖进展

研究报告





乙肝病毒X蛋白结合蛋白通过下调PEPCK的表达抑制肝脏糖异生




DADS对DJ-1核定位高表达人白血病HL-60细胞的影响


我们发现我们文章的“专度“、”深度“和”新颖度丝毫不逊色于其最新一期“综述与专论”部分文章列表中的文章。


所以看了“终审”的第一条,让人觉得这个期刊负责终审的人员简直就是让人无语!

再看其给出的第二条“终审”意见:“2.本刊版面过于紧张。”这更让人想骂街!甚至当面扇其人的耳光!


你这个样子办刊物,办学术刊物还能办到好?


以下是我给编辑部的信(从来不回信)


尊敬的编辑: 我们仔细研读了三位专家的审稿意见(见附件),专家的意见是非常中肯的,我们也虚心接受。其中两位专家说我们的选题有新颖性及学术参考价值,另外一位专家指出了我们的格式和文献引用问题我们会虚心接受并且修正。但是直接退稿的结果,我们觉得专家审稿意见和“终审”意见之间缺乏合理的逻辑;自去年投稿给贵刊,经过漫长的等待,中间多次追问不果,这让人感觉贵刊实在傲慢和具有偏见,本着相互尊重的原则,我建议贵刊改变工作作风,以利于长期发展;我们的稿件对DNA代谢与重大疾病的热点之一进行“专论”这符合贵刊的“综述”与专论栏目的目标,我们真实地感觉到了编辑部负责“终审”人员的懵懂和缺乏责任感,给出的三点理由让人绝对难以接受。


一些感想:


我之所以把文章投给《生物化学与生物物理进展》主要是因为其主编王大成院士曾经是我中科院研究生时期的老师,而且后来在中科院的遗传所和微生物所得时候参加863-3专家组主导的2个项目,一直接受王大成老师的领导...投给他做主编的这个杂志,我自己觉得是怀着良好的愿望才这样做的。其中的三位审稿专家是我推荐的中科院生物物理所、北京大学和首都师范大学的三位同行,他们均为国内有关领域的顶级专家。这些同行的评审中肯,非常具有建设性,我本人对他们的宝贵指导和帮助心存感激!并顺此表达我对三位的崇高敬意!






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