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Stephen F Altschul：BLAST算法的奠基者及其他
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Stephen F Altschul：BLAST算法的奠基者及其他 诸平 | |
美国国家卫生研究院、国家医学图书馆、国家生物技术信息中心斯蒂芬·阿尔丘尔（Stephen FAltschul）等人在1990年提出BLAST算法，BLAST是基于局部比对算法的搜索工具英文全称（Basic Local Alignment Search Tool）的首字母缩写。BLAST算法是一种基于局部序列比对的序列比对算法，能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。因此广泛被用于蛋白质DNA序列的分析问题中，在其他序列相似性比对中也有应用。对于斯蒂芬·阿尔丘尔进行简要介绍，并对其发表的论文高引情况进行搜索统计。 | |
1 斯蒂芬·阿尔丘尔（Stephen F Altschul）简介 斯蒂芬·弗兰克·阿尔丘尔（Stephen Frank Altschul）1957年2月28日出生，他是一位美国数学家，设计的算法被广泛应用于生物信息学领域(Karlin-Altschul算法及其继任算法）。最值得注意的是用于蛋白质和核苷酸的序列分析的BLAST算法（BLAST algorithm），阿尔丘尔就是合著者之一。 阿尔丘尔1975年9月进入哈佛学院（Harvard College）学习数学，1979年6月大学毕业获数学学士学位，在哈佛期间他被选入美国大学优等生荣誉学会数学组成员。阿尔丘尔以优异的成绩从哈佛毕业之后，1981年9月进入美国麻省理工学院(Massachusetts Institute of Technology)，攻读博士学位，导师是Daniel Kleitman，1987年6月毕业获得数学博士学位。但是据PubMed数据库介绍，斯蒂芬·阿尔丘尔1985-2006年一直在美国马里兰州贝塞斯达市（Bethesda, Maryland）的美国糖尿病、消化以及肾病研究所数学研究部工作。1994年4月至今在美国国立卫生研究院（NIH）国家生物信息中心（NCBI）的计算生物学部工作，任高级研究员（Senior Investigator）。主要从事序列比对算法、统计序列比较、序列相似性的测算等研究。开放存储（OA）文献中有16篇高引文献。 本科期间年, 阿尔丘尔博士就对生物学产生了浓厚的兴趣。因此,他开始阅读有关DNA的书籍。在他阅读的书籍中就有詹姆斯·沃森（Watson）撰写的《双螺旋——发现DNA结构的故事》（The Double Helix）。此外,他还选修了《进化生物学》（Evolutionary Biology）课程。阿尔丘尔博士在洛克菲勒大学（Rockfeller University）实验室度过了两个炎热的夏季，他帮助为x射线晶体学项目编写计算机代码。由于他对生物学的兴趣，经过深思熟虑之后他打算申请研究生院的生物学研究。他决定申请应用数学的编程,希望找到一些将数学应用于生物学的方法。 博士毕业后, 阿尔丘尔在美国国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所（National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases）数学研究部，作为一名IRTA博士后研究员从事数学研究。从1990年至今,他一直在美国国家生物技术信息中心（NCBI）计算生物学部工作,1994年至今在NCBI计算生物部任高级研究员。 | |
Stephen Altschul, PhD | Altschul, S F(Stephen F Altschul) — Bethesda, USA 16 highly cited papers in open-access literature. [1985 – 2006] Mathematical Research Branch, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease, Bethesda, Maryland 20892. Contact Information |
Computational Biology Branch, NCBI, NLM, NIH Research Interests：Sequence alignment algorithms; Statistics of sequence comparison; Measures of sequence similarity | |
2 部分近期出版物以及PubMed数据库收录情况 1985-2013年PubMed数据库收录了53篇论文，近期的几篇重要论文摘引如下： Altschul, S.F., Wootton, J.C., Zaslavsky, E. & Yu, Y.-K. (2010) “The construction and use of log-odds substitution scores for multiple sequence alignment,” PLoS Comput. Biol. 6:e1000852. Ye, X., Yu, Y.-K. & Altschul, S.F. (2010) “Compositional adjustment of Dirichlet mixture priors,” J. Comput. Biol. 17:1607-1620. Yu, Y.-K. & Altschul, S.F. (2011) “The complexity of the Dirichlet model for multiple alignment data,” J. Comput. Biol. 18:925-939. Ye, X., Yu, Y.-K. & Altschul, S.F. (2011) “On the inference of Dirichlet mixture priors for protein sequence comparison,” J. Comput. Biol. 18:941-954. | |
3. 斯蒂芬·阿尔丘尔的H指数 谷歌学术搜索结果显示(截止2013年11月27日)，阿尔丘尔发表的74篇论文，累计被引115883次，2008年以来被引45724次，H指数44；被引10次或者以上的论文58篇，其中2008年以来的有49篇，1992-2013年的逐年被引频次见以下图示。
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4. 斯蒂芬·阿尔丘尔及BLAST研究高引论文（>1000次/篇） 通过谷歌学术搜索，斯蒂芬·阿尔丘尔论文中被引频次最高的不是他1990年关于BLAST的研究论文，而是他与同僚合作完成的1997年发表于《核酸研究》（Nucleic Acids Research）的论文——Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller and David J. Lipman. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.Nucl. Acids Res. 1997, 25(17): 3389-3402. doi: 10.1093/nar/25.17.3389.累计被引用48771次，其次才是SF Altschul, W Gish, W Miller, EW Myers, DJ Lipman. Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology，1990， 215 (3)：403-410. 累计被引用48148次，其他被引用在千次以上的论文同时包括其他人关于BLAST算法研究相关论文，引用情况摘录如下： | |
Basic local alignment search tool SF Altschul, W Gish, W Miller, EW Myers… - Journal of molecular …, 1990 – Elsevier A new approach to rapid sequence comparison, basic local alignment search tool (BLAST),
Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs SF Altschul, TL Madden, AA Schäffer… - Nucleic acids …, 1997 – Oxford Univ Press Abstract The BLAST programs are widely used tools for searching protein and DNA 被引用次数：48771 相关文章 所有 295 个版本 引用
BLAT—the BLAST-like alignment tool WJ Kent - Genome research, 2002 - genome.cshlp.org Abstract Analyzing vertebrate genomes requires rapid mRNA/DNA and cross-species
Detecting subtle sequence signals: a Gibbs sampling strategy for multiple alignment CE Lawrence, SF Altschul, MS Boguski, JS Liu… - science, 1993 – sciencemag.org Abstract A wealth of protein and DNA sequence data is being generated by genome projects
[HTML] BLAST 2 Sequences, a new tool for comparing protein and nucleotide sequences TA Tatusova, TL Madden - FEMS microbiology letters, 1999 - Wiley Online Library Abstract 'BLAST 2 S equences', a new BLAST-based tool for aligning two protein or
S Karlin, SF Altschul - … of the National Academy of Sciences, 1990 – National Acad Sciences Abstract An unusual pattern in a nucleic acid or protein sequence or a region of strong
A workbench for multiple alignment construction and analysis GD Schuler, SF Altschul… - … : Structure, Function, and …, 1991 – Wiley Online Library Abstract Multiple sequence alignment can be a useful technique for studying molecular 微软学术搜索结果有所不同（被引千次以上的几篇论文如下）
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5. PubMed数据库合作者关系图 | |
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6. 1985-2013年53篇论文年度分布 | |
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https://blog.sciencenet.cn/blog-212210-745233.html
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