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《Perl 生物信息学编程》前言

已有 26248 次阅读 2015-3-3 14:49 |个人分类:人才培养|系统分类:教学心得

Perl是一种通用的高级程序语言,已广泛用于系统维护、数据库管理、网络编程等各方面。作为一种灵活、易用、开源的强大脚本编程语言,Perl以其无与伦比的文本分析处理能力,被广泛用于从生物医学文献、基因与蛋白质序列、分子空间结构,到生物芯片及生物网络数据的分析与挖掘中,是进行生物信息学研究与开发的利器。

有趣的是,Perl这一计算机语言的名称,发音颇似中文的“萢儿”(pāo er)。在我的故乡,萢儿是各种酸酸甜甜的浆果(berry)的统称。举一个例子,桑葚在我的老家不叫桑葚而叫“桑萢儿”。我小的时候,很少有像我女儿现在这样整天吃的零食与整天玩的玩具。于是,下河抓鱼、上树摘萢,诸如此类有吃、有玩的趣事,令我乐此不疲。无巧不成书!Perl这种计算机语言在其自身发展及教育传播中,也形成了以骆驼、羊驼、蝴蝶、蜥蜴、草莓等各种动植物为标识的多个发行版本或书籍品牌,一派花鸟虫鱼,乐在其中的样子。其中,在Windows平台上的开源发行版本Strawberry Perl(我将其昵称为“草莓萢儿”)是最接近Unix/Linux平台Perl的版本。在本课程中,我们将主要讲解如何在Windows平台上利用Eclipse和EPIC构建Perl集成开发环境,编写生物医学相关Perl脚本程序,并通过Strawberry Perl的解释运行来完成课题研究所需的计算任务。

本课程作为生物医学工程、生物学一级学科下属各二级学科研究生的专业选修课,旨在引领来自各专业没有任何编程经验的同学进入Perl生物医学编程及应用的大门。希望同学们在学习中体验Perl的简单、易用、灵活与强大,感受Perl编程的文化、思想与魅力,学会如何利用Perl帮助自己开展课题研究。

要有风,要有肉,要有火锅,要有雾,要有美女,要有驴......希望同学们在快乐中学习。Perl任何时候都要学!不学不行!你们想想,你带着本书进了门,吃着草莓萢儿还唱着歌,突然就遇到错误了#@%$……(^_^) 由于本人学识有限,挂一漏万,加之写作期间女儿绕膝,或哭或笑或撒娇,所以书中错漏,恐不胜数,敬请各位来函来电(hj@uestc.edu.cn)指正!谢谢!

 电子科技大学生物信息学中心
黄健于龙年第二春(2013.2.4)



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