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CMAP数据库简介

已有 11462 次阅读 2016-4-24 11:07 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

首先我介绍一下什么叫CMAP:Complement Map Database这个术语表示的是错综复杂的蛋白质网络,这个蛋白质网络至少包含50个蛋白(血浆,膜蛋白),而且这些蛋白通过互作完成一项层叠式的功能。而这个系统的功能除了修复人体内稳态平衡,清除病原体,发现炎症等。所以这些ComplementSystem对于人体来说是很重要的。

我们通过http://www.complement.us/labweb/cmap/访问CMAP,主页如下:

首先映入眼帘的就是主菜单和数据库的搜索框(图中红矩形所突出部分)。CMAP中的数据都是从三个层次来表示,分别是entitiesrelations还有pathways。其中entities表示的是蛋白、小分子还有复合物(蛋白-蛋白、蛋白-小分子),relations则是表示的entities之间的关系,pathways则是relations的组合。

CMAP中把pathways具体分成了多个部分,如下图所示:


在CMAP的主页上的PathwayMaps选项中可以通过选择不同的Pathname来可视化不同的Pathway,如下图所示:

我们以Complement-Cancer为例。

进入Complement-Cancer中,我们可以看见左侧的文字解释,这个Complement的主要功能以及模式,而右侧则是一张具体的Complement图。每一步都有详细的解释。

我们用鼠标点击图中的一个部分为例,如下图中的红色矩形所圈部分。


就会在左侧出现这个过程所获得的方法以及引用。当然这并不是每个组分都是可以点击的,我们在举一个entities的例子,我们点击图中的绿色节点。


则会出现该节点(entities)所包含的组分,还能展示出该节点与其他节点的互作关系,如下图。


当然,这些数据不仅仅能以这样的形式查看,我们还可以通过搜索我们感兴趣的基因机型查询。


可以获得该基因在通路中的位置(红色矩形标注,原图中也有红色五角星标注),以及该基因的基本信息(左侧)。

我们还可以通过下载链接,将这些数据进行下载,如下图所示:


多种数据格式均可提供。这种Complement的数据库很少见,确实对于我们以后的应用能够起到不错的作用。

(转自:云生信)





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