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I-TASSER-----蛋白结构预测

已有 21085 次阅读 2019-8-23 15:08 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

I-TASSER是由密歇根大学张阳课题组开发的在线结构预测的工具,其2015年发布在线服务版本的文章已经被引300多次,而在同一年,其发布了I-TASSER独立版本的文章,目前已经被引超过2000次,I-TASSER页面如下图:
image.png
在使用I-TASSER之前,必须要用学术邮箱进行注册,注册完后会在邮箱收到密码。用户提交任务需要输入蛋白序列,邮箱以及密码。
image.png
如果用户有指定模板的话,可以在Option I下指定模板,格式为PDB ID(小写):Chain ID,如下图:
image.png
其余的参数一般都可以默认,然后点击Run-I-TASSER按钮,即可提交任务,一般会等待两三天才会出结果,如果觉得等的时间太长的话可以下载单独的I-TASSER软件在自己的机器上跑,下载页面在首页上方的Download按钮。最后给出的预测结果注释非常多,包括二级结构预测结果,溶剂可及表面积,预测的温度因子等,如下图:
image.png
下面还会给出打分最高的5个结构:
image.png
评价指标包括C-score,TM-score,C-score代表置信度,TM-score是反映两个结构相似度的打分。最后,还有对蛋白功能的预测
image.png
总之,I-TASSER的交互界面对于实验工作者非常友好,如果有需要的同学可以考虑使用。



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