1.KEGG数据库
http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是由日本京都大学和东京大学联合开发的数据库，是基因组测序和其他高通量实验技术生成的大规模分子数据集的整合和解读的突出参考知识库，可以用来查询代谢途径、酶（或编码酶的基因）、产物等，也可以通过BLAST比对查询未知序列的代谢途径信息。KEGG主要通过Web界面进行访问，同样也可以通过本地运行的Perl或java程序进行访问，使用很方便。KEGG是一个综合数据库资源，进一步可细分为16个主要的数据库，具体详情参见http://www.genome.jp/kegg/ 。其中KEGG PATHWAY 数据库是一个代谢通路集合的数据库，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络：
1.新陈代谢:包括碳水化合物代谢、能量代谢、脂质代谢、核苷酸代谢、氨基酸代谢等相关通路；
2.遗传信息加工:包括转录、翻译、折叠、分选、降解、复制和修复等相关通路；
3.环境信息加工:包括膜转运、信号转导、信号分子相互作用等相关通路；
4.细胞过程方面:包括运输和代谢、细胞生长和死亡、细胞群落、细胞运动等相关通路；
5.生物体系统方面:包括免疫系统、内分泌系统、循环系统、消化系统、神经系统等相关通路；
6.人类疾病方面:包括肿瘤、免疫性疾病、神经变性疾病、心血管疾病、内分泌代谢性疾病、药物抗性等相关通路；
7.药物开发方面:包括抗感染药、抗肿瘤药、神经系统药物等相关通路；另外还包含靶向药物的相关通路，比如G蛋白偶联受体通路、核受体通路、离子通道通路、转运蛋白通路、酶通路等。


2.BioCyc数据库
https://biocyc.org/
BioCyc收集提供了数千个测序生物体的基因组和代谢途径的参考。BioCyc PGDB通过软件产生，该软件预测完全测序的生物体的代谢途径，预测哪些基因编码代谢途径中的缺失酶，并预测操纵子。BioCyc还集成了来自UniProt的其他生物信息学数据库的信息，如蛋白质特征和基因本体信息。BioCyc网站提供了一套用于数据库搜索和可视化的软件工具，用于omics数据分析，以及比较基因组学和比较通路问题。
BioCyc中的每一个数据库描述了单个有机体的基因组和代谢通路。根据用户留下的操作预览和数据更新信息，这些BioCyc中的数据库会建立起不同的层级。第一层数据库通过大量的手动创建，包含了EcoCyc、MetaCyc、HumanCyc和BsubCyc。第二层和第三层数据库则包含了计算预测代谢通路，以及哪些基因编码代谢通路中缺少酶的预测和预测的操纵子。
BioCyc提供的用于组学数据的导航、可视化以及潜在数据的分析工具包括：基因组浏览器、个体代谢通路和完整代谢图的显示、将数据绘制到通路图和代谢图上的多组学数据库；把基因和通路组以SmartTables的形式存放到个人账户，然后可以共享、分析、转移你账户存储的信息。
这里主要介绍BioCyc中主要的两个第一层数据库：
(1) MetaCyc代谢途径数据库：
https://metacyc.org/
MetaCyc是通过实验数据阐明的生命科学领域内的代谢通路数据库，其中包含来自2844种不同生物体的2526个途径。MetaCyc含有涉及初级和次级代谢以及相关代谢物，反应，酶和基因的途径。MetaCyc 可以用来预测测序基因组中的代谢途径。
(2)HumanCyc数据库：
https://humancyc.org/
HumanCyc是一个生物信息学数据库，描述人类基因和代谢途径。该数据库提供了一个可缩放的人体代谢图，并已被用于产生人体新陈代谢的稳态定量模型。HumanCyc还提供查询、可视化和基础数据分析以及Omics数据分析的工具。


3.Reactome数据库
http://reactome.org/
Reactome是一个免费开源的通路数据库，提供直观的生物信息学工具，用于可视化，解释和分析途径相关知识，以支持基础研究，基因组分析，建模，系统生物学研究等。 Reactome利用PSIQUIC Web服务来覆盖来自Reactome功能交互网络和外部交互数据库（如IntAct，ChEMBL，BioGRID和iRefIndex）的分子交互数据。目前版本（v61）的Reactome于2017年6月22日发布。
Pathway注释由生物学专家与Reactome编辑人员合作编写，并交叉引用许多生物信息学数据库。这些包括NCBI Gene数据库，Ensembl和 UniProt数据库，UCSC基因组浏览器，KEGG化合物和ChEBI小分子数据库，PubMed和 Gene Ontology。


4.GenMAPP数据库
http://www.genmapp.org/
该数据库已不再更新，但是仍然提供代谢途径、代谢通路分析的开源软件工具的相关链接，其中包括:
1）PathVisio：是一个通路分析工具，可让您绘制、编辑和分析生物学途径。
2）GO-Elite：识别一个最小的非冗余的生物本体术语或途径来描述一组特定的基因或代谢物。
3）Cytoscape：是一个用于可视化复杂网络并将其与任何类型的属性数据集成的软件平台。
4）WikiPathways：是一个开放，协作的平台，致力于生物学途径的策划。
5）AltAnalyze：是微阵列，RNA-Seq和代谢组学分析的应用软件。AltAnalyze将通过蛋白质异构体，结构域组成和microRNA靶向评估外显子表达。


(转自“上海生物芯片”)