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UALCAN---又一TCGA数据库数据挖掘网站

已有 23165 次阅读 2018-1-1 15:15 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

UALCAN:http://ualcan.path.uab.edu/index.html

在主页右上角有一个Analysis选项,我们直接单击就可以打开下面的界面:

第一个功能:Scan by genes。可以直接查询多个基因在肿瘤里的表达和与预后的关系, 然后单击Explore就可以打开新界面.

这里我们看到分析的链接有GEx profile和Survival Profile,说的分别是基因的表达情况和基因表达与预后的关系,而后面的HPRD,Genecards等是相关的数据库.

大家看到左侧是肿瘤类型,右侧是分组类型,在上图中显示的红绿箱式图就是左侧的乳腺癌(Breast invasive carcinoma),分组标准是Major Cancer Stages,显示的就是某个基因在正常组和原发乳腺癌(Primary Tumor)组的差异和统计结果。

当然,我们还可以看到基因与患者预后的结果关系,通过一开始界面的survival profile.


下面,我们再看第二个功能:Scan by gene Classes。在这个界面:

我们看到有各种类型的gene class,有的是蛋白类型,比如激酶kinase,泛素连接酶,蛋白酶,磷酸酶,还有根据功能划分的,比如细胞周期,凋亡,转移,还有通路的,比如p53,Hedgehog通路等。

也就是说,我们可以直接查看这一类基因在TCGA中的数据情况,这里我们以P53通路为例,选好后直接单击explore,这是我们看到的结果:

左侧是基因名,中间是基因在不同肿瘤中的表达和预后结果,最后是数据库链接,最上面的search for genes还可以直接对这个表格里面的基因进行搜索。


文章引自:小张聊科研



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