常见的与药物设计相关的数据库包括免费的数据库（Open National Cancer Institute database，NCI开放数据库）、部分商业数据库（MDL数据库、Chinese Natural Product Database，CNPD数据库和Traditional Chinese Medicine Database，TCMD数据库）以及从化学试剂供应商处获得的数据库（SPECS数据库）。

NCI是由美国国立癌症研究所提供的数据库，其中收集了自1955年以来从有机合成或天然产物中得到的化合物，这些化合物最初主要用于抗癌药物的筛选，最近也用于抗艾滋病的研究[30]。经过45年的努力，该数据库中已经收集了超过500 000个化合物，但是由于部分化合物涉及保密协议等原因，NCI只对外公布了约250 000个化合物，这些化合物的结构数据组成了NCI开放数据库。该数据库中化合物的原始格式为SD格式，其中包含了原子间的连接表，分子名称以及生物活性等信息。

FDA数据库收录的是经过FDA批准已经成药的分子。保存这些分子的原始格式为SD格式，该数据库不但包含分子的结构，还包含了分子所对应的疾病以及各种活性信息。

MDL数据库是MDL化学、生物信息系统的一部分，它主要包括ACD-3D、CMC、MDDR、RXNBRO、Metabolite和Toxicity。其中RXNBRO是一个化学反应数据库，Metabolite 是药物代谢库，Toxicity是毒性数据库。

ACD-3D中ACD是 Available Chemical Directory的缩写，3D表示该数据库中的分子具有三维化学结构，该数据库中收录了目前能购买的化学药品清单。MDL公司与世界上近千家化学药品公司有着密切的联系，并通过网络掌握各化学药品公司近三个月内的产品和价格以及包装等情况。因此，ACD-3D 是各生物制药公司寻找和定购原料的信息源。

CMC的全称是综合药物化学数据库（Comprehensive Medicinal Chemistry），数据库中的所有化合物都曾作为药物试剂进行过人体实验。它是根据Pergammon出版的《综合药物化学》一书所载的信息发展而成的。数据包括药物名称同义词、药物分类、LogP值和pKa值，还包括美国化学文摘社(CAS)登录号和参考文献。由于该数据库中含有已知的和人们关注的生物活性，从而使它成为一种探索构效关系(SAR)、假定和改进药效基团特性等十分有用的工具。

MDDR是指MDL药物数据报道数据库（MDL Drug Data Report），其中包括了大量候选药物的结构、生物活性、专利和版权信息及参考文献。这些候选药物或已成药，或处于临床研究期间。在每月公布的专利中，新的具有生物活性的化合物都加入到数据库中，并且追踪其进展情况和临床试验。作为当前的一种掌握信息的工具，MDDR在了解医药工业发展、追踪竞争对手的研究进展方面很有价值；作为一种研究手段，它在确定结构特征对特定的生物活性的影响方面，是一个极好的选择。

CNPD是指中国天然产物数据库，它是由上海药物发现与设计中心和创腾科技合作开发的一个商业数据库，其中收集了五万七千多个天然产物，涵盖天然产物的三十七个类别。而且类药性分析结果标明，CNPD中有70％的分子是类药性分子。

TCMD是指中药化学数据库，它是中科院过程工程研究所分子设计课题组周家驹等化学和药学专业的工作人员，对几十年来的相关资料进行了系统收集、整理、和分析，历时8年建立起的一整套中草药化学资料的辨识和分析标准，并在此基础上开发了中药化学数据库（TCMD 2003.1），该数据库收录中草药所含产物的化学结构、理化性质、生物和药理活性及文献来源等信息。

SPECS数据库是由荷兰SPECS公司开发的，其数据库中所有化合物都可以在SPECS公司够买得到。该数据库会根据各个化合物的库存量定期更新。