Belgica antarctica，南极蠓是唯一生活在南极洲的昆虫，其独特的抗低温环境，抗冰冻刺激，抗脱水及渗透胁迫，抗强紫外辐射等特点，使其成为挖掘抗极端环境遗传机制的有力研究对象。

南极蠓基因组研究成果于2014年8月12日发表在nature communication期刊上，其是南极首个基因组被测生物，也是双翅目摇蚊科中第一被测序的极端生境生物。南极蚊基因组大小约99Mb，是目前所测昆虫基因组中最小的。尽管南极蠓和其他双翅目生物一样具有差不多的基因数量，但是其与其他双翅目昆虫相比具有很低的重复密度、内含子长度减少的现象。极端环境似乎是对基因组结构存在约束、而非对基因组成造成影响。转座子数目较少且大多是比较古老的、没有活性的反转座子序列。基因组中大量基因信息是和生长发育、代谢调控、极端环境袭击应答等相关的，从而能够解析其适应机制。

南极蠓基因组测序平台：结合了二代测序平台HiSeq 2000和三代测序平台PacBio RS II。

测序策略：

1)RNA-Seq：pooled the fourth larval instar larvae；

2)基因组HiSeq测序：构建一个~400bp shotgun文库结合HiSeq 2000测序一个lane，测序深度达100×以上，结合这部分数据进行基因组大小评估等；这部分数据结合Velvet进行denovo组装，获得5,422 contigs；然后再结合ERANGE将RNA-Seq数据对contigs进行拼接、将contigs缩减至 5,064个。

3)基因组PacBio测序：构建一个~10Kb大小的文库结合PacBio RS II进行测序。

*DNA源自同一个南极蠓个体。

4)数据组装：

5)南极蠓基因组组装结果：

6)基因组注释：首先是对转座子等重复序列进行了注释统计，然后再进行基因组注释；

7)基因组比较分析：和冈比亚按蚊、埃及伊蚊、库蚊、果蝇基因组进行比较分析；

8)功能富集分析：GO富集；

9)Putative SNPs鉴定：这是将trimmed reads比对回组装结果时鉴定获得；

10)Demography分析。

附：蚊类物种基因组测序信息汇总-20140904.xls。

genomeweb报道：Compact Antarctic Midge Genome Offers Clues to Extreme Adaptation。

生物帮报道：Nature Com:南极蠓的紧凑型基因组可能是为了适应极端环境。

文章下载：Compact genome of the Antarctic midge is likely an adaptation to an extreme environment。Compact genome of the Antarctic midge is likelyan adaptation to an extreme environment.pdf。

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