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基于转录组的昆虫(及其它很多无脊椎动物)高级阶元系统发育研究给研究者提出了一项挑战,就是合格样品的获取,这其中的困难来自于5个方面。
第一,对于完整的代表类群选取这一要求来说,有些关键类群由于分布范围的局限,或生境的隐秘,或种群涨落季节性的差异,是不容易被采集到的,即使对于有十余年甚至更长采集经验的研究者来说也是如此。如果再考虑到环境变迁,以及天气等偶然性因素,采集的难度还会更大。对于栖境与习性差别很大的高级分类单元类群,这使得较为全面获取代表类群的难度较高。
第二,在传统分类学研究中,虽然分类学家也重视个体数量,但是是与个体大小之间没有相关性的;而对于转录组研究所要求的RNA总量,小的个体必然需要更多的个体数量,而1-2mm的个体大小在昆虫中比较普遍。
第三,在传统分类学研究中,分类学家一般不急于在野外就去分辨近缘种或形态相似的物种,但是对于转录组研究来说,这一需求就比较迫切,尤其是对于近缘种同域分布的情况。如果考虑到雌雄异型、色斑型等种内个体差异,这个困难还会变得更大。而要作出准确的判别,这需要对于相关类群的分类学、形态学、分布以及习性方面的知识有着较高的熟悉程度。虽然可以考虑带回实验室,进行饲养、分拣,但是也要面对因不熟悉饲养条件而造成活体死亡的可能性。
第四,对于比较完整的研究方案,一个物种需要同时包括用于RNA提取的个体和干制标本,后者用于分类学研究,在回到研究单位后进行物种鉴定。如果有可能的话,再保存一部分酒精浸制标本才会更为理想。
第五,有些关键类群在交通非常不便利的地方分布,或者在国外分布。那么即使有能力采集到足够多的同一物种的活体个体,如何妥善保存样品直到进行RNA总量和完整性的检测,也是一个非常现实的挑战,因为不论用RNALater还是液氮保存样品,都是有一定的时效性的。
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GMT+8, 2024-11-14 06:37
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