基于转录组的昆虫（及其它很多无脊椎动物）高级阶元系统发育研究给研究者提出了一项挑战，就是合格样品的获取，这其中的困难来自于5个方面。

      第一，对于完整的代表类群选取这一要求来说，有些关键类群由于分布范围的局限，或生境的隐秘，或种群涨落季节性的差异，是不容易被采集到的，即使对于有十余年甚至更长采集经验的研究者来说也是如此。如果再考虑到环境变迁，以及天气等偶然性因素，采集的难度还会更大。对于栖境与习性差别很大的高级分类单元类群，这使得较为全面获取代表类群的难度较高。

      第二，在传统分类学研究中，虽然分类学家也重视个体数量，但是是与个体大小之间没有相关性的；而对于转录组研究所要求的RNA总量，小的个体必然需要更多的个体数量，而1-2mm的个体大小在昆虫中比较普遍。

      第三，在传统分类学研究中，分类学家一般不急于在野外就去分辨近缘种或形态相似的物种，但是对于转录组研究来说，这一需求就比较迫切，尤其是对于近缘种同域分布的情况。如果考虑到雌雄异型、色斑型等种内个体差异，这个困难还会变得更大。而要作出准确的判别，这需要对于相关类群的分类学、形态学、分布以及习性方面的知识有着较高的熟悉程度。虽然可以考虑带回实验室，进行饲养、分拣，但是也要面对因不熟悉饲养条件而造成活体死亡的可能性。

      第四，对于比较完整的研究方案，一个物种需要同时包括用于RNA提取的个体和干制标本，后者用于分类学研究，在回到研究单位后进行物种鉴定。如果有可能的话，再保存一部分酒精浸制标本才会更为理想。

      第五，有些关键类群在交通非常不便利的地方分布，或者在国外分布。那么即使有能力采集到足够多的同一物种的活体个体，如何妥善保存样品直到进行RNA总量和完整性的检测，也是一个非常现实的挑战，因为不论用RNALater还是液氮保存样品，都是有一定的时效性的。