作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源

又到了亲爱的严涛老师时间：

诺奖文章里面的动图布局教程来了！！

R包ggseqlogo |置换序列分析图

ggplot2高效实用指南（可视化脚本，工具，套路，配色）

ComplexHeatmap |理解绘图逻辑布局热图

R语言可视化学习笔记之ggridges包

  ggplot2学习笔记之图形排列

网络地理图产品与传统的网络图产品不同，引用当地理位置进行节点网络可视化时，需要将这些节点放置在地图上，然后绘制他们之间的连结。马库斯康拉德的帖子（https://datascience.blog。 wzb.eu/2018/05/31/three-ways-of-visualizing-a-graph-on-a-map/），非常赞。其中他的部分思路对于我们学习可视化很有帮助。

首先准备需要的R包，当需要一次性加载多个R包时，我们可以利用pacman，它整合了library包中的一些相关函数，利用pacman包中的p_load函数可以自动加载需要的R包，如果没有找到替代自动安装缺失的R包。这样我们就不用写很多行library命令了，从而使代码变得简单些。

library(pacman)
p_load(assertthat,tidyverse,ggraph,igraph,ggmap)

为了方便大家练习，仅挑出部分国家地理位置，如下：

country_coords_txt <- "
 1     3.00000  28.00000       Algeria
 2    54.00000  24.00000           UAE
 3   139.75309  35.68536         Japan
 4    45.00000  25.00000 'Saudi Arabia'
 5     9.00000  34.00000       Tunisia
 6     5.75000  52.50000   Netherlands
 7   103.80000   1.36667     Singapore
 8   124.10000  -8.36667         Korea
 9    -2.69531  54.75844            UK
10    34.91155  39.05901        Turkey
11  -113.64258  60.10867        Canada
12    77.00000  20.00000         India
13    25.00000  46.00000       Romania
14   135.00000 -25.00000     Australia
15    10.00000  62.00000        Norway"

nodes <- read.table(text = country_coords_txt, header = FALSE, quote = "'",sep = "\t",col.names = c("id","lon","lat","name"))

现在我们有了15个国家的地理坐标（LON和LAT）和国家名称，这些就是之后要在地图中展现的例程，下面我们需要在这些队列之间随机创建一些链接，方便之后将不同国家连起来。

# 生成随机数种子，保证结果的重复性
set.seed(42)  
min <- 1
max <- 4
n_categories <- 4

# edges：建立国家之间的随机连结
edges <- map_dfr(nodes$id, function(id){
  n <- floor(runif(1,min,max+1))
  to <- sample(1:max(nodes$id),n ,replace = FALSE)
  to <- to[to!=id]
  categories <- sample(1:n_categories,length(to), replace = TRUE)
  weight <- runif(length(to))
  data_frame(from=id, to=to, weight=weight, category=categories)
})
edges <- edges%>%mutate(category=as.factor(category))

上面我们已经创建好了例程（node）以及连接（edge），并且还生成了连结之间的类别（categories）和权重（weight），下面就进行可视化。

生成图形结构

下面创建一个预测边缘的数据框架。

(g <- graph_from_data_frame(edges, directed = FALSE, vertices = nodes))

此外，还需要再额外定义四列并入替换的初始位置。

edges_for_plot <- edges%>%
  inner_join(nodes%>%select(id, lon, lat),by=c("from"="id"))%>%
  rename(x=lon, y=lat)%>%
  inner_join(nodes%>%select(id,lon,lat),by=c("to"="id"))%>%
  rename(xend=lon,yend=lat)
assert_that(nrow(edges_for_plot)==nrow(edges))

# 给每个节点一个权重（weight）值，在之后的绘图中将反应在节点的大小上
nodes$weight <- degree(g)

再下面定义以下GGPLOT2主题用来绘制地图。

# 定义主题
maptheme <- theme(
  panel.grid = element_blank(),
  axis.text = element_blank(),
  axis.ticks = element_blank(),
  axis.title = element_blank(),
  legend.position = "bottom",
  panel.background = element_rect(fill="#596673"),
  plot.margin = unit(c(0,0,0.5,0),"cm")
)

# 指定`data=map_data("world")`保证每个节点共享同一世界地图中的坐标系
country_shape <- geom_polygon(aes(x=long, y=lat, group=group),
                              data=map_data("world"),
                              fill="#CECECE", color="#515151",size=0.1)

# coord_fixed函数可以改变xy轴的范围
mapcoords <- coord_fixed(xlim=c(-150,180), ylim=c(-55,80))

方法一：ggplot2

除了需要世界地图（country_shape）中国家边界外，我们还需要三个几何对象：

1. geom_point：重新排序；

2. geom_text：添加上游的标签名字；

3. geom_curve：预测上游间的连线（edge）。

此外我们需要定义aesthetic来规定数据如何可视化地映射在地图上

1. 对于股东（节点）：将各个地理坐标映射到画板的x，y位置，以及路由器的大小取决于权重大小；

2. 对于连线（边缘）：使用edges_for_plot数据集，xend和yend指定连线的起始和重点，按照category着色，根据weight来指定连线的粗细。

   
   

注意： geoms的顺序很重要，因为它定义了先放置该对象，先放置的将被后面的层叠覆盖。因此我们先行放置了连线（edges），然后重新布局了（nodes），最后重新布局的标签（labels）。

ggplot(nodes)+country_shape+
  geom_curve(aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend,color=category,size=weight),
             data=edges_for_plot,curvature = 0.33,alpha=0.5)+
  scale_size_continuous(guide = FALSE,range = c(0.25,2))+  # scale for edge widths
  geom_point(aes(x=lon,y=lat,size=weight),  # draw nodes
             shape=21,fill="white",color="black",stroke=0.5)+
  scale_size_continuous(guide = FALSE, range = c(1,6))+ # scale for node size
  geom_text(aes(x=lon,y=lat,label=name), # draw text labels
            hjust=0,nudge_x = 1,nudge_y = 4,
            size=3,color="white",fontface="bold")+
  mapcoords+maptheme

方法二：ggplot2 + ggraph

ggplot2有一个名叫gggraph的扩展包（点我了解更多的ggplot2扩展包）专门为网络图的替换添加了geoms美学，它可以帮助我们对电容器和接线使用单独的标度（scales）。

nodes_pos <- nodes%>%
  select(lon,lat)%>%
  rename(x=lon,y=lat)
lay <- create_layout(g,"manual",node.position=nodes_pos)
assert_that(nrow(lay)==nrow(nodes))

# add node degree for scaling the node sizes
lay$weight <- degree(g)

# 使用gggraph包中的geom_edge_arc和geom_node_point函数进行绘图
ggraph(lay)+
  country_shape+
  geom_edge_arc(aes(color=category,edge_width=weight,circular=FALSE),
                data = edges_for_plot,curvature = 0.33,alpha=0.5)+
  scale_edge_width_continuous(range = c(0.5,2),guide=FALSE)+
  geom_node_point(aes(size=weight),shape=21,fill="white",color="black",stroke=0.5)+
  scale_size_continuous(range = c(1,6),guide = FALSE)+
  # 指定repel = TRUE来分发各个节点的标签
  geom_node_text(aes(label=name),repel = TRUE, size=3,color="white",fontface="bold")+
  mapcoords+maptheme

方法三：图形叠加

图形叠加需要一个透明背景，可通过下面的命令创建。

theme_transp_overlay <- theme(
  panel.background = element_rect(fill="transparent",color=NA),
  plot.background = element_rect(fill="transparent",color=NA)
)

在透明的背景上添加地图。

这里介绍一个技巧，我们可以将绘图代码放置在()中，运行一句命令即可将图形显示在你的RStudio中，而不需要再次运行p_base。

(p_base <- ggplot() + country_shape + mapcoords + maptheme)

下面创建第一个需要覆盖在地图上的层叠-各节点之间的连线（边）。

(p_edges <- ggplot(edges_for_plot)+
  geom_curve(aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend,color=category,size=weight), # draw edges as arcs
             curvature = 0.33,alpha=0.33)+
  scale_size_continuous(guide = FALSE, range = c(0.5, 2)) + # scale for edge widths
  mapcoords + maptheme + theme_transp_overlay +
  theme(legend.position = c(0.5, -0.1),
        legend.direction = "horizontal"))

然后是排除第二个需要重叠的附件-节点（节点）

(p_nodes <- ggplot(nodes) +
  geom_point(aes(x = lon, y = lat, size = weight),
             shape = 21, fill = "white", color = "black",   # draw nodes
             stroke = 0.5) +
  scale_size_continuous(guide = FALSE, range = c(1, 6)) +   # scale for node size
  geom_text(aes(x = lon, y = lat, label = name),            # draw text labels
            hjust = 0, nudge_x = 1, nudge_y = 4,
            size = 3, color = "white", fontface = "bold") +
  mapcoords + maptheme + theme_transp_overlay)

需要求最后用annotation_custom(ggplotGrob)把p_edges状语从句：p_nodes添加到p_base上，三个图形就叠加在一起了。还之后需要手动多次调整p_edges状语从句：p_nodes在垂直方向上的位置。

p <- p_base+
  annotation_custom(ggplotGrob(p_edges), ymin = -74)+
  annotation_custom(ggplotGrob(p_nodes), ymin = -74)
print(p)