chen7qi的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chen7qi

博文

七龙珠 |召唤一份单细胞数据库汇总

已有 356 次阅读 2019-9-16 11:33 |个人分类:生物信息|系统分类:科研笔记

每次分析自己的单细胞数据后,都让我产生无限的遐想与yy,总感觉不对劲也说不上是哪里,于是总想找别人发表的单细胞数据分析一下,第一步是检索,
检索
检索
。。。。
睡着了……

那么,就总结一下收录有单细胞发表数据的数据库吧,可以帮助大家减少看文献的负担哈!(如何快准狠地找到相关领域的经典文献?

单细胞数据库汇总

1. PanglaoDB

以上是该单细胞数据库的界面,左边有不同的检索方式,右面是对该数据库的大致介绍。该数据库的物种虽然只有人和小鼠,Tissue的种类和数目却有很多;我常用的是下载tissue数据,比如我现在要下载10X小鼠肺脏的rawdata文件,操作如下:

首先点击sample


分别对speciesprotocol进行选择,然后找到Lung,点击SRA序列号即可进入rawdata下载目录:


2. Single Cell Portal - Broad Institute

该网站最初是作为BRAIN(推进创新神经技术方面的脑研究)计划的一部分而开发的,可以从https://github.com/broadinstitute/single_cell_portal/wiki获得网站布局概览,可以下载数据,也可以登录上传自己的数据共享。

可以直接在Search Studies中检索“lung”:

登录即可下载rawdata。

3. Single Cell Expression Atlas - EMBL-EBI

该数据库由欧洲分子生物学实验室(EMBL)进行统计分析,是世界上最大的基因组学科学和技术专业知识集合之一。

如果要搜索mouse的lung data,点击Browse experiments,将Kingdom调成Animals,在Search all columns中输入“lung”,可以看到有关lung的experiments。

点击任意一个experiment,即可进行下载:

4. Mouse Cell Atlas

这个数据库应该是我们比较熟悉的,是浙江大学郭国骥团队的小鼠单细胞数据库,但个人感觉不如从他的文章Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq.直接下载数据。

data下载链接:https://figshare.com/articles/MCA_DGE_DATA/5435866 :

5. CancerSEA


我们发现里面的Functional states有好多,如果我们需要下载数据,可以点击上面的Download,然后用Lung进行检索,这样可以进行数据的下载:


6. Mouse Cell Atlas

SCPortalen收录的信息包括了单细胞的图片、数据和序列,在这个数据库中可以通过细胞和数据集(dataset)进行搜索下载

点击Datasets—→transcriptome data,数据下载


7. scRNASeqDB

scRNASeqDB数据库是由休斯顿德克萨斯大学健康科学中心的研究人员设计,几乎包括所有目前可用的人类单细胞转录组数据集(n = 38),涵盖有人类细胞系或细胞类型共计200种和13,440个样本。

对Lung进行检索,下载数据:

因为通过外部数据进行的数据重复能够更好地验证自己的观点,因此应用外部数据进行自身数据的验证可能是今后单细胞数据分析的一个重要趋势。

一起试一试吧,哈哈哈哈!




http://blog.sciencenet.cn/blog-118204-1198164.html

上一篇:万能转换,R图和统计表转成发表级的字,PPT,Excel中,HTML,乳胶,矢量图等
下一篇:用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-10-20 06:10

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部