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那天空飘过的梅花月饼,是今年中秋最好的礼物

已有 583 次阅读 2019-9-16 11:02 |个人分类:生物信息|系统分类:科研笔记

2019年9月13,往年这个时候的大学,‘学习’气氛正灼,考研人月下抱书疾行,披星奔赴自习室。而农历八月十五与平时不同的是,会收到学院给的冬瓜馅(划掉)果仁馅月饼,聊以寄思。今日又逢仲秋时分,人的地点或状态在变,不变的始终是中秋月夜的这份月饼。

而就在近日,国产C919干线客机第四架测试机,编号B-001E从中国商飞试飞中心东营基地起飞,在完成导航LOC全向性科目试飞过程中,用国航独有的浪漫给大众赠送了一份“梅花月饼”。这份由试飞航迹呈现的梅花月饼是在1000米低空手动飞出来的,而为了提高效率,机组选组一次性飞出8个方向,难度可见一般,最后的效果也不可谓不匠心独运。

图片来源:中国商飞

国航人可以手动在地图上画各种航线,生信人也可以用R语言手动在地图上展示一份专属路线图。

REmap


REmap正可以帮助我们实现,它是基于Echarts的一个R包,用Echarts封包,地图绘制使用的是SVG图形,可以获取经纬度、制作个性化地图时可以绘制路线,更新之后也加上了中国地图的热力图,功能探索起来有些乐趣,不过今天我们还是只需要简单的路线图。

首先装包,我是在它的github主页直接下载源文件安装的,下面的方法测试过也能成功。

library(devtools)
install_github('lchiffon/REmap')
library(REmap)

路线图的绘制主要是用函数remap

remap(mapdata, title = "", subtitle = "",
     theme =get_theme("Dark"))

这个函数的参数理解很简单,mapdata是一个数据框,第一列为出发点,第二列为目的地,title标题,subtitle 副标题,theme 是生成地图的颜色。

举个例子

下面以办公室成员回家路线作为示例

origin = rep("北京",5) # 5是目的地个数,length(destination)
destination = c("山西","山东","河南","黑龙江","湖北")
dat = data.frame(origin,destination)
out = remap(dat,title = "",subtitle = "",theme = get_theme("Bright"))
plot(out)

出来的是一个交互式的html(推荐使用chrome或者火狐浏览器),有时候因为设备的不同,定位也会有问题,需要提供百度API,这个时候可以向百度注册申请(http://lbsyun.baidu.com/apiconsole/key)。得到API后运行options(remap.ak = “API码”),之后即可定位成功。

主题还可自由定制,颜色则是根据自己喜好

out = remap(dat,title = " ",
           theme = get_theme("None",lineColor = "skyblue",
                             backgroundColor = "#FFC1C1",
                             titleColor ="#fff",
                borderColor = "rgba(100,149,237,1)", regionColor = "#009688"))
plot(out)

对REmap感兴趣的话可以去github主页(https://github.com/Lchiffon/REmap)探索分享。

REmap是基于Echarts的一个包,Echarts是一个强大的交互式可视化浏览器上表格的库,我们的学员分布图正是基于Echarts绘制,星星点点的亮光聚在一起也总是好看 (可惜有美国、澳大利亚和新西兰来参加培训的朋友没有办法画出来,以后更新成世界地图)


《生信宝典》联合《宏基因组》微信公众号于2017年11月开始第一期生物信息研讨班,至今已27期。把之前需要学习1-3年的知识系统梳理,通过3天集训+视频快速掌握。现已线下服务老师总计954人(1188人次,有数十位老师参加过3门以上不同课程),腾讯和网易课堂线上服务老师总计4200+人次。他们来自全国各地,有高等院校的教授、副教授、海外科研者,也有不少是医药领域、科技公司的领导和从业者,以及广大活跃在一线的本科生、硕士生和博士生。

在促进跨界交流的同时,也体现了生物信息学的发展速度和应用的广泛性,以及各领域相关人员对生信分析技能的求知欲。这也是易生信开办培训的原因,希望通过主讲老师十年的科研实战经验,为大家提供一条走进生信大门的捷径。


非常不完全统计,参加第一期课程的朋友的一作Nature在半年前上线了,参加第三期课程的朋友通讯作者的Plant Physiology也于半年前发表,参加第四期课程的朋友做起了菌群检测的公司,第五期课程的朋友Cell Research走起了,第七期培训我们用了参会学员的文章作为示例(对我们来讲这位学员也是我们的老师),更多的朋友或者发表SCI顺利毕业,或者提升为教授或副教授了,或者评为优青、青千等,都得到了自己的技能提升。我们的讲师也发表了Science, NBT, Nature Communication, Nucleic Acids Research等。




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