Note2. 需要首先安装Python2.7和vcpython2.7(即Microsoft VC++ Compiler for Python, 浏览器中打开http://aka.ms/vcpython27下载安装), 然后在Python2.7的环境下安装Pip, numpy, setuptools等模块，最后从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol页面下载PyMOL的安装文件whl，利用pip进行安装。

详细步骤如下（Suppose vcpython27已安装）：

2. 从 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pip 下载pip安装文件pip‑6.0.7‑py2.py3‑none‑any.whl ，放在Python根目录中。打开cmd窗口，执行

python.exe pip-6.0.7-py2.py3-none‑any.whl/pip install pip-6.0.7-py2.py3-none‑any.whl

安装pip到C:Python27Scripts

5. cmd窗口执行

pip install pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl

安装pymol，安装时间比较长，安装完之后在scripts文件夹下生成pymol.cmd文件，双击运行即可打开pymol运行窗口。

执行

pip install pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl

安装pymol launcher，安装时间很短，安装完后在Python27目录下生成PyMOL.exe文件，双击打开PyMOL的运行主窗口。

9. 打开记事本程序把下面的代码粘贴进去：

# Add paths to sys.path so PyMOL can find modules and scripts

import sys, os

pymol_git = os.path.abspath(os.path.join(os.environ['PYMOL_PATH'], 'Pymol-script-repo'))

os.environ['PYMOL_GIT_MOD'] = os.path.join(pymol_git,'modules')

sys.path.append(pymol_git)

sys.path.append(os.environ['PYMOL_GIT_MOD'])

# Make setting changes to Plugin Manager

import pymol.plugins

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': False, 'verbose': False}

pymol.plugins.autoload = {'apbs_tools': False}

pymol.plugins.set_startup_path([os.path.join(pymol_git, 'plugins'), os.path.join(sys.prefix, 'Lib', 'site-packages', 'pmg_tk', 'startup')])

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': True, 'verbose': False}

10. 再次打开PyMOL，从主菜单的Plugins选项就可以安装和运行plugins了。

DIY的哦，不收费～