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AFEchidna示例14--添加权重变量

已有 477 次阅读 2021-8-25 09:47 |个人分类:Echidna|系统分类:科研笔记

AFEchidna包可以给因变量添加权重变量,简单示例如下:


res21<-echidna(h3~1+Rep,

               weights='h1',

               random=~Fam,

               es0.file="fm.es0")


运行结果如下:


> res11<-echidna(h3~1+Rep,

+                weights='h1',

+                random=~Fam,

+                es0.file="fm.es0")


Running Echidna for analysis:  h3 


 Wed Aug 25 09:43:16 2021 

  Iteration     LogL eSigma NEDF

1         1 -2408.41  52260  554

2         2 -2356.22  56140  554

3         3 -2358.91  55050  554

4         4 -2358.80  60760  554

5         5 -2357.09  59670  554

6         6 -2355.57  58110  554

7         7 -2355.38  57460  554

8         8 -2355.38  57410  554

Wed Aug 25 09:43:16 2021 LogL Converged 

> Var(res11)

      Term    Sigma       SE   Z.ratio

1 Residual 57412.00 3619.000 15.864051

2      Fam   146.26   58.779  2.488304


AFEchidna包免费对外开放,仅用于学术研究,不可用于商业研究,否则造成的后果自负。


感兴趣者,可发邮件到yzhlinscau@163.com免费索取程序包。


参考文献:

Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.


CSDN链接:https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/119904102




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