mashengwei的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/mashengwei

博文

bwa samtools 衔接时的一些注意事项

已有 1165 次阅读 2021-6-9 20:26 |系统分类:科研笔记

每台服务器都有自己的脾气,硬件上CPU和内存不同,软件上系统环境不一样。

长时间使用一台服务器或电脑,写好的很多流程,软件参数几乎都是固定的,而且都能正常工作。一但不得不换一个服务器或者电脑,总需要大把时间去调试。

最近又碰到一个小问题,当然以前也许也碰到过,但由于没有记录,时间一长就给忘了。

bwa输出sam格式,但sam格式的文件一般都很大,尤其对我们小麦来说更甚。所以,我一般直接 samtool sort 转换。

命令如下:

image.png

但最近换了内存为256G、CPU为64核的服务器后,碰到点问题。跑小的测试文件,一切正常。但使用正常的sample时,就碰到了问题。报错信息为“Error: samtools sort: couldn't allocate memory for bam_mem”,查了一些资料之后,发现,主要是内存不足引起的。当然,内存是没有问题的,这主要是参数设置不当引起的。bwa mem 的 -t 参数以及 samtools sort 的 -m 以及 -@ 参数之间不是独立的。相对正常的做法是,-t 参数与-@参数设成一致,而 -m 参数的大小取决于机器的内存以及-@参数。因为-m参数的意思是“Set maximum memory per thread”,所以 -m 与-@的乘积不能大于机器的内存。





http://blog.sciencenet.cn/blog-1094241-1290466.html

上一篇:基因注释小结
下一篇:NCBI上传fastq.gz以及bam文件有文件大小限制

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-10-23 23:05

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部