今天我们来说一说另外一篇节节麦D基因组测序的文章。文章发表在 nature plants上面，题目是“The Aegilops tauschii genome reveals multiple impacts of transposons”，作者都是中国人，想必大家都知道是哪家单位在做了，完整的作者信息如下图，也请参考今天的第二篇推送(作科所主导完成小麦D基因组精细图绘制)，题目是官方起的，老感觉叫“小麦D基因组”不太合适。

大概5天前，我们也推送了另外一篇节节麦的基因组介绍(

原文中此处为链接，暂不支持采集

前面提到本文的着重点是对TE的分析，本文研究了TE对基因表达的影响，整体上来说，含有TE的基因的表达水平要低于那些不含TE的基因，实际上TE的插入可能影响是的周边序列的甲基化水平，进而影响基因的表达水平。

另外，TE在基因的假基因化方面也起着重要的作用。

DNA的甲基化在基因的表观调控和转座子等重复序列的沉默上起着重要的作用。本文通过对同一个组织进行全基因组甲基化测序以及RNA_Seq测序，分析发现，基因内部的CG型和CHG型的甲基化水平要显著低于基因间隔区，在转录起始位点以及转录终止位点附近，CG型甲基化水平较低，这一点在表达的基因和不表达的基因上更显著。而CHG型的甲基化水平却正好相反，不表达的基因的CHG型的甲基化水平要高于表达基因的。

作者最后还将以前的各种类型的标记以及克隆的基因都锚定到该基因组上，有兴趣的可以去下载附件。

目前只有基因组序列可下载，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/347/335/GCA_000347335.2_ASM34733v2/GCA_000347335.2_ASM34733v2_genomic.fna.gz。

在线blast的方法参考前面推送的博文。

看过今年的几篇小麦基因组的文章，还有未发表的中国春1.0版本的基因组，所有的小麦基因组组装都用到NRgene公司的组装软件，如果没有这个公司估计小麦基因组还得再等等，不清楚诺禾里的技术人员是否了解这个软件背后的算法。虽然IWGSC的文章还未发表，但中国春1.0的版本的数据很早就释放了，并且公布的信息还比较详细，可谓先声夺人，所以后来这些释放的数据也就不如以前那么饥渴了，在使用率上一定要比中国春1.0版本低很多，今天提到的这篇文章也仅仅公布了基因组序列，注释信息、基因的表达数据，甲基化数据等都未公布，这些对使用者来说门槛过高。

现在来看，一个参考基因组是远远不够的，未来一定还有更高质量的基因组出现，测基因组的目的还是拿来用，也许后面会有人整理出这些数据并发布在网站上，方便广大的小麦科研人员查询和使用。所以，各位如果谁擅长web在线化方面的技术的话，欢迎联系“wheatgenome”。

基因组基本不是问题了，所以定位找基因的速度会大大加快，下一步要做的也许是如何将之快速的应用到育种上。前面我们提到过现在报道的QTL已经够多了，而将这些QTL利用起来的并不多，以后像Cas-9这种基因编辑技术应用到小麦育种上，就可以加快基因的利用进程。

相比基因组，另一方面比较落后的就是小麦基因功能研究这一块，一是小麦普式的转化体系远未获得突破，二是小麦研究人员在功能机制研究等方面的实验技术远未成熟，三是相应的生物信息分析能力也远未普及，这些都会限制我们的研究进度，就像以前受限于没有基因组，但是此时的环境又不同，因为这些技术和方法是很容易转移至小麦上，所以已经有很多研究拟南芥等其他植物的研究人员转移到小麦上。

现在的小麦研究领域是一片红海，容不得迟疑，不进则退。

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