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[转载]Vienna Drosophila Resource Center

已有 746 次阅读 2019-3-4 17:28 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

维也纳果蝇资源中心(Vienna Drosophila Resource Center,VDRC)是位于奥地利维也纳的一个重要的果蝇RNAi资源中心。该中心是目前保存果蝇RNAi品系最多的一个资源库,覆盖了91%的蛋白质编码基因(到2018年4月止)。果蝇研究者可以从该中心获取需要的果蝇品系和相关的RNAi质粒。

作为该中心最重要的RNAi库,其中存储了由UAS-RNAi方式构建的转基因品系,通过与不同的GAL4品系杂交可以获得所需的功能缺失的果蝇品系。RNAi库主要由GD库、KK库和shRNA库构成。GD库与KK库中存储长发夹序列构建的RNAi品系,shRNA库中存储短发夹序列构建的针对microRNA的RNAi品系。

其中:

  • 共涵盖 12,671个果蝇编码基因(91%)。

  • GD库涵盖11,292个基因(81%)。

  • KK库涵盖9,646个基因 (69%)。

  • shRNA涵盖448品系(3.2%) – 更多的正在构建中。(注:small hairpin RNA = shRNA)

  • 超过8,500个基因有两个或两个以上的独立品系可用。

此外,VDRC还提供了GAL4品系,可以在“Enhancer-GAL4 driver library”中获取,用于同UAS-RNAi品系杂交,实现knock-down的效果。所以,如果自己没有GAL4品系的话,在获取RNAi品系的时候不要忘记同时获取GAL4品系哦。否则,是什么效果也没有的。VDRC存储了964种GAL4品系,这些品系中,调控GAL4表达的序列连同GAL4基因被一同插入在attP2位置。

GD库与KK库

GD库是通过在一个修改过的带有10个UAS位点拷贝的pUAST载体中克隆进300-400bp的基因片段作为反向重复序列(IR),并使用P-element构建RNAi转基因品系,由于P-element是在基因组中随机插入的,因此可能带来一些意想不到的影响。例如,P-element插入在关键基因上导致致死或当与GAL4杂交后,由于EP(Enhancer-Promoter)-effects,引起相邻基因的过表达等。

KK库是继GD库后建立的另一个转基因RNAi库。采用phiC31构建的定点插入的RNAi转基因品系。KK库主要做了以下改动:

  1. 通过将所有插入序列整合到相同的基因组位置,来提高一致性和可靠性。

  2. 使用改进过的重复序列提高插入的效率和特异性。

  3. 生成GD库没有涵盖的品系。

  4. 为同一基因提供另一种独立的RNAi序列,用于表型验证。

shRNA库这里不做介绍。下边以GD库中的品系为例说一下各项参数的含义。

20180419-1

  • VDRC ID:这是VDRC库中果蝇品系的编号。也是当你要获取果蝇时需要提供给对方的标识。

  • Library:这里是只品系所属的库,如:GD,KK或者shRNA。上面对这些库已经介绍过了,不在多说。

  • Construct ID:是指GD-DNA库中质粒的编号。GD-DNA库是存储用于构建RNAi转基因果蝇品系时所用的质粒的库。当然你也可以向RDRC索要这些质粒。

  • CG Number:同FlyBase中的CG基因编号,这里可以从上图中看到,基因组版本是6.01的。

  • Nearest Genes:就是重复序列插入位置附近的基因,在这个列表中并没有显示,但进入到某一个具体的品系中时,会有对应的信息。

  • Synonyms:这个不用说了,基本都看得懂。

  • On-target:On-target基因的数量。On-target表示有基因能够被dsRNA正义链上产生的多个19-mer序列中的50%以上完美结合(考虑双链时为全部19-mer序列的25%),则定义为On-target。

  • Off-target:Off-target基因的数量。Off-target表示有基因能够被dsRNA正义链上产生的多个19-mer序列中,少于50%的序列与之结合,但至少有一个19-mer序列能与该基因匹配。

  • s19:

s19 = ∑ ON-target matches / ( ∑ ON-target matches + ∑ OFF-target matches)

 s19得分的范围是从0~1,1表示没有Off-target的基因。但这不表示没有未知的Off-target,因为有些Off-target的情况是很难识别到的。

  • CAN Repeats:CAN重复序列的数量。

  • Viability:分生存,致死和不育三种类型。这里提供的状态是由于UAS-IR插入导致的,而不是指同GAL4杂交后产生的表型。

  • Inserted Chromosome:插入的第几号染色体。

  • FlyBase Reference Report:FlyBase中对应报告的数量。

  • Status:是否可以从库中获取。

 

对于GAL4库的挑选,这里就不介绍了,后面有时间再进行补充。




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