微生物 物种丰度 网络图 R语言 Gephi network 2020-06-25

       最近用使用R和Gephi学习了网络图的制作，借鉴了刘永鑫和刘尧的一些东西。不好意思尧哥，我又要抄作业了。原理什么的我讲不清楚主要 ...

(23709)次阅读|(3)个评论

生信 python 练习题 把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 2020-06-13

最近发现学习python的方法在于完成一个个小课题，这样对于个人对于python的掌握提高很大。这一次分析一段将fasta文件中的每一段序列分割成80个字母一行的序列。 ...

(4359)次阅读|(0)个评论

R语言 PCA PCoA ggplot2 2020-05-04

这一篇是衔接上一篇的，就是要用ggplot2程序包对PCA和PCoA进行可视化。代码我直接照搬过来了，只是绘图的时候用ggplot函数。ggplot2包实现了一个在R中基于全面 ...

(8164)次阅读|(0)个评论

R 语言 PCA PCoA 区别 2020-04-14

PCA（principal component analysis）中文名字叫主成分分析：基于特征向量的排序方法，分析对象是原始的定量数据。排序图展示样方之间的欧氏距离。 PCoA（prin ...

(9732)次阅读|(0)个评论

python3 fasta txt seq contig等纯文本文件的读取 写入 2020-02-15

#文本文件的读取，同样的如果'序列文件.txt'不在当前工作目录下，需要写出详细的文件路径。与window系统不同，在linux系统中工作路径需要用到'/ ...

(2373)次阅读|(0)个评论

python3 计算 基因组测序结果文件 各碱基数目（个人练习） 2020-02-13

    基因组测学回来的结果后，从assembly（组装）里找到序列文件，格式可能是：.fasta、.fastq、.seq、和.contig。fastq要转化为fasta，转 ...

(3907)次阅读|(0)个评论

α多样性指数变化趋势 2020-02-08

本绘图方法基于R语言实战（R in action），基于图形初阶的方法，使用R软件自带的plot（）函数绘图，基础的分为5步 attach(data)#对data添加路径索引：attach(d ...

(2065)次阅读|(0)个评论

R语言 堆叠柱状图 物种丰度直方图 2019-12-20

#使用ggplot2包绘制物种丰度直方图 #首先安装ggplot2包，并载入 install.packages(ggplot2) library(ggplot2) #OTUs相对丰度矩阵表（以97%的相似度为聚 ...

(16265)次阅读|(0)个评论

查看更多